1993年初，市内有联运企业1个，即市联运服务公司，是集水运、陆运、空运于一体的综合性联运服务企业，并提供轮船、火车、飞机客票销售服务。公司建有石驳码头60延米，仓库10间、400平方米，汽车5辆。1996年5月改制为股份合作制企业。公司先后与无锡、上海、南京、常州等地协议开设水路、公路、铁路联运业务，并成为苏北集装箱公司成员单位，至1997年末，共开辟通州至北京、乌鲁木齐等19个省、市的联运线路，实行一次托运、一次收费、一票到底全程负责送货上门、取货到户服务。2001年4月，公司由社会自然人控股，更名通州市环球联运服务有限公司。2004年7月，该企业移交金沙镇属地管理。

1993年，全市完成联运中转量4.18万吨，实现利润1万元。1995年联运中转量5.08万吨，经营亏损12万元。1996年亏损额上升至22万元。1997—2005年，年联运量维持在1～7万吨之间，联运业扭亏为盈，年利润1～8万元。2005年完成联运中转量3.59万吨，实现利润1.49万元。2006年8月，环球联运公司破产。

2008年初，南通汽运实业集团投资1.42亿元，在中国南通家纺城建设飞鹤物流中心，占地8公顷，一期工程于2008年末竣工，共有物流仓库72间，建筑面积3702平方米，24家经营户进入中心经营，经营路线37条，基本覆盖全国各省份。至2009年6月底，二期工程正在建设之中。