1993年，全市水运企业共有船舶257艘，其中，钢质船156艘、非钢质船101艘，总载货量1.29万吨、功率2915千瓦；全年完成货物运输量和货物周转量分别为59.2万吨和1.07亿吨公里。之后，个体民营船舶猛增，水运企业经济效益大幅度下降，1993—1997年，亏损企业数由1个增加到4个，亏损额从9万元增加到208万元。1996年，水运企业进行股份合作制改革，由经营层持大股，职工持小股。1998年，市交通局因企制宜，采取“一企一策”调整水运企业所有制结构，实行“船舶私有化、经营自主化、人员合约化、管理服务化”，仍未能扭转困难局面。是年，全市水运企业货物运输量和货物周转量分别为29.4万吨和4172万吨公里，比1993年下降50.3%和61%。2004年7月，市交通局所辖4个市属水运企业移交给所在地政府管理。2004—2005年，通州市实施“船型标准化工程”，共拆解、改造挂浆机船舶117艘，其中，拆解108艘，全市挂浆机船舶退出水运市场。2006年6月，市朝能航运有限公司和东帆航运有限公司破产。2008年，货物运输量51万吨、周转量5700万吨公里。2009年6月，全市共有水运企业4个，即：史庄运输有限公司、兴海航运有限公司、石港航运有限公司、同舟运输服务有限公司；船舶97艘，1.72万吨位、7035千瓦。