1993年，全市陆运运送旅客650万人次，旅客周转量2.35亿人公里，比1992年分别增长4.2%和5.3%。1997年推行“招手即停”运营模式，陆运运送旅客增至1260万人次，旅客周转量4.21亿人公里，其中，个体联户运送210.39万人次、1820万人公里。2000年，本着“因势利导、调整分流、逐步提高”原则，淘汰所有个体中巴车，对农公线路实行“五定五统一”（定线路、定车辆、定班次、定价格、定站点；统一车型和车身颜色、统一发车时间、统一凭票上车、统一着装服务、统一标志上岗）管理，创建农公客运品牌线路。2001年，客运量和旅客周转量均大幅上升，分别为1045万人次和10.19亿人公里。2008年，陆运运送旅客698万人次，旅客周转量6.28亿人公里。

长途客运  由南通汽运实业集团有限公司通州分公司（通州汽车总站）经营。1993年，长途班车由金沙直达上海、南京、扬州、无锡、常州、苏州、徐州等地。1997年、2007年分别增开至天津和邳州客运班线。2009年6月，长途客运班线有通州至北京、西安等超长途和至浙江、安徽等邻近省市的省际班线以及至省内城市的市际班线46条，长途客运班车46辆。

农村公交客运  1993年，境内农村公共汽车客运线路有25条，通达站点220个。2000年7月起，通州汽车总站增设金沙至三余、金沙至农场、金沙至平潮3条农公品牌线。2005年，金三线有营运客车13辆，日发客运班次59个；金农线有营运客车13辆，日发客运班次56个；金平线有营运客车18辆，日发客运班次67个。2008年，有农公品牌线7条（详见第一章第六节《车站》）。

2002年起，市同德汽车运输公司先后开通金沙至北兴营运客车9辆，日发客运班次32个；金沙至二甲营运客车5辆，日发客运班次23个。2008年12月，市同德汽车运输公司停开金沙至北兴、金沙至二甲班线，交由市公交公司统一经营管理。

城市公交客运  1994年4月，通州市公交公司成立，在册职工10人，有公交汽车4辆，公交营运线路1条。1996年起，先后开通公交2路、5路、3路、4路、6路、7路、8路和镇村循环公交线路1条。2002年6月，在城市主干道增设公交站亭、站牌各18座。2004年4月，1路、2路、3路公交车实行无人售票。2009年6月28日开通金沙至南通城际公交60路班线，由通州市公交公司和南通市公交公司共营，双方共投入公交车28辆，其中，通州市公交公司16辆，南通市公交公司12辆，均为无人售票空调车，起讫点为通州客运北站和南通五一路停车场。至2009年6月底，全市共运行公交线路10条，拥有公交车52辆，日发班次226班，在册职工75人。

出租车客运  境内出租汽车客运市场诞生于20世纪80年代初，当时出租客运车辆以上海生产的客三轮（俗称“兔儿头”）为主，也有少数性能较好、功率较大的“红邮”客三轮。1992年组建国有性质旅游汽车服务公司，向市场投放28辆共112客位的奥拓微型客车。之后，陆续有个体户购买小型客车投入出租客运市场，部分企业自备车也开始经营出租客运。1995年起，全市出租客运车辆拥有量迅速增加，1997年增至527辆，出租客运市场达到饱和状态。1998年，出租客运车辆拥有量呈现下降趋势。10月，市交通局投资组建市同兴交通运输服务中心，通过政府引导、自然整合，对经营出租客运的个体户、零星企业车辆采取挂靠经营或托管等方式纳入统一管理，以达到规模化经营，主要车型有奥拓、夏利及7客小型车辆。至2001年末，全市经营出租客运公司增加到4个，拥有出租客运车辆341辆1893客位。2002年3月，市政府发布《关于开展出租客运市场整顿的通告》，要求低档次出租车限期退出出租客运市场。4月，市旅游汽车服务公司改制为市顺发旅游汽车服务有限公司，经营范围为出租客运和旅游客运；市同兴交通运输服务中心由国有企业改制为民营企业，更名市同兴交通运输服务有限公司；市港务实业总公司退出出租客运市场。2004年9月，市兴源汽车运输有限公司成立，拥有出租车12辆，2005年增至21辆，所有车辆均为普通桑塔纳。2005年7月，通州汽车总站组建市华欣客运有限公司；市同兴交通运输服务有限公司、兴源汽车运输有限公司121辆出租车整体转让给市华欣客运有限公司，实行统一经营。2006年起，暂停出租客运车辆发展。2009年6月底，全市出租客运车辆减至165辆。

人力三轮车客运  1993年以后，随着通州市城区逐步扩大，人力三轮车从业人员逐渐增多。人力三轮车客运一方面解决部分市民出行需求，另一方面因从业人员成份复杂、文化素质等因素限制，给城市交通带来负面影响。2002年8月，结合全市“五城同创”活动，由市兴茂交通运输公司出资，对城区营运人力三轮车实行全面升级，统一车型、统一车色、统一编号、统一佩带服务证件，首批49辆人力三轮车亮相城区。2004年，《中华人民共和国道路运输条例》颁布实施，交通运管部门对非机动车营运实施管理缺乏法律依据，故退出对人力三轮车管理。

1993年，市内道路货运以乡镇运输管理站和通州汽车总站为主，个体道路货运业户为辅。市交通部门完成陆运货物量13.9万吨、周转量217万吨公里。1993—1998年，市通甲运输公司、市史庄运输有限公司、市通平运输有限责任公司、市临海水陆运输有限公司等专业运输公司相继成立，个体运输业户也快速发展，小吨位货车大量涌入货运市场，而交通部门道路货运企业则在激烈的市场竞争中逐渐退出市场。2001年，全市陆运货物量872万吨，其中，交通部门仅1.5万吨。2004年，交通部门彻底退出货运市场。2006年起，专业运输公司发展迅速，通州市天泰运输有限公司、南通新祥运输有限公司、南通宏仁化学危险物品运输有限公司等企业相继成立。至2008年末，25个专业运输公司共有运输车辆1263辆、8536.91吨位，分别占全市货运车辆总量48%和61%；全市全年完成货运量965万吨、货物周转量5.9亿吨公里。