2004年1月，交通部决定在京杭运河沿线省、直辖市实施船型标准化工程。市交通局根据上级统一部署，制定《通州市船型标准化工程实施方案》，采取行政、经济等多种手段推进船型标准化。至2005年6月，提前半年全面完成船型标准化工作。全市参与船型标准化工程水运企业9个，实际拥有船舶118艘，其中，同舟运输服务有限公司46艘、石港航运公司21艘、东帆航运有限公司16艘、朝能航运有限公司7艘、史庄运输公司13艘、通甲运输公司8艘、刘桥运输站3艘、新联运输站3艘、南兴运输站1艘。共实施改驳船舶1艘79总吨，落舱改造船舶9艘518总吨，拆解船舶108艘4656总吨，补贴资金362.68万元。实施船型标准化工程的同时，推进船舶公司化，全市水运企业由9个减为6个，即：市史庄运输有限公司、市朝能航运有限公司、市东帆航运有限公司、南通开发区营船港航运公司、市石港航运有限公司、市同舟运输服务有限公司。