南通兴东机场初建于20世纪50年代末，90年代初重建。1992年12月31日批准启用。1993年元旦成功首航，8月24日正式通航，至2002年，先后开通北京、广州、厦门、深圳、武汉、成都、大连等航线，每周12～16个航班。

2003年11月26日，南通兴东机场划归南通市管理。2005年12月29日，经南通市工商局批准成立南通兴东机场有限公司，注册资本8000万元，南通国有资产投资控股有限公司为机场国有资产出资人。2009年2月，南通兴东机场被列入民航总局编制的“十一五”发展规划，将南通兴东机场总体定位为上海国际航空枢纽的辅助机场。2009年6月，机场总面积1.2平方公里，停机坪面积5.2万平方米，等级为4C，跑道长2400米、宽60米（含两侧各7.5米道肩），混凝土道面厚度32厘米，道面等级号PCN52R/B/W/T，设有Ⅰ类精密进近盲降系统，有飞往北京、广州、厦门、深圳、成都、武汉等航线，每周38个航班。机场使用性质为民用航空运输机场，是江苏省最早投入使用的纯民用机场。