1992年末，全县共有成品油经营单位176个。1993年新建加油站12座。1997年新建加油站最多，共26座。1998年，市政府办公室印发《关于通州市石油流通市场专项治理实施意见的通知》，通过整顿，全市石油成品油（含汽油、柴油、煤油）零售网点，由229个减少到166个。全市共有石油成品油合格批发企业1个（江苏省石油集团公司通州支公司），成品油合格经营单位80个。2000年，对全市所有无铅汽油、柴油、煤油零售网点进行重新登记、清理、整顿，共有140个石油成品油零售企业领取“成品油零售经营批准证书”，江苏省石油公司通州支公司更名为中国石油化工股份有限公司江苏南通通州石油分公司（简称中石化通州分公司）。2001年，行政区划调整，竹行、小海、观音山镇的13个加油站（点）同时划归南通市。2004年，市联宇物资有限公司加油站整体租赁给中石化通州分公司经营。二甲大华加油站、建峰加油站、西亭农机加油站整体租赁给中石油南通分公司经营。中石化通州兴仁站迁建加油站1座。2005年，市农机石油公司石港加油站、市华发石油制品有限公司整体租赁给中石油南通分公司经营。至2009年6月底，全市共有加油站（点、船）115个，其中，加油站87个、柴油点27个、加油船1艘。按系统分，中石化通州分公司加油站29个、柴油点5个，中石油南通分公司加油站11个，南通燃料股份有限公司加油站2个，民营加油站45个、柴油点23个。