1992年末，全县共有通航航道71条601.9公里。其中，干线航道9条178.20公里，支线航道62条423.7公里。1993年起，市交通部门加强航道整治，实施等级航道疏浚和部分护坡驳岸工程，改善通航条件，提高航道等级和通过能力。2005年，由省政府、交通部联合发文批准的《江苏省干线航道网规划》，明确通吕、通扬运河由五级航道规划为三级航道，纳入长江三角洲地区高等级航道网。到2008年末，通州境内共有航道65条，通航里程569.75公里。等级航道有通吕运河、通扬运河、通栟线、江石线、通同线、三余竖河、通启河、江海河、海门河9条168.07公里；等外航道56条、401.68公里，其中，等外30吨级航道32条、276.85公里，等外10吨级航道24条、124.83公里。

通吕运河  西起南通陈闸大桥，东至启东吕四大洋港，横贯市境中部。通州管辖航道长24.77公里，经先锋、兴仁、兴东、川姜、金沙、二甲、东社七镇，是通州市一条主要航道。2005年规划为三级航道（1000吨级）。

通扬运河  南起南通船闸，北至扬州市东郊湾头镇，是通州通往外地一条重要内河航道。境内长12.99公里，经平潮、平东二镇。1994年规划为五级航道（300吨级），2005年规划为三级航道（1000吨级）。

江石线  由新江海河、竖石河、金石河组合而成。其中，新江海河从通吕运河至海门市江心沙农场新江海河闸，经金沙、川姜、张芝山三镇，境内长26.57公里；竖石河从通吕运河至金石河口，长5.41公里；金石河从竖石河至石港镇九圩港河口，长19.95公里。全线总长51.93公里。1994年规划为五级航道（300吨级）。

通栟线  即九圩港，西起天生港西长江边，东至如东县马塘镇，与如泰运河相接，中部与通扬运河、团结河、江海河、金石河、遥望港相通。通州管辖航道长23.57公里，经刘桥、平东、石港、骑岸四镇。1994年规划为五级航道（300吨级）。

通启河  西起营船港闸，东至启东市塘芦港，是通州沟通南通、海门、启东的主要航道。境内长8.81公里，经张芝山、川姜二镇。1994年规划为六级航道（100吨级）。

通同线  即遥望港，东起三余镇团结村，西至石港镇石东村，与九圩港相接。境内长28.05公里，经三余、十总、骑岸、石港四镇。1994年规划为六级航道（100吨级）。

江海河  南起刘桥镇十五里庙村入九圩港，北至海安县北凌河。境内长5.92公里，经刘桥、石港二镇。1994年规划为六级航道（100吨级）。

三余竖河  遥望港至四化桥。境内长9.92公里，全在三余镇。1994年规划为六级航道（100吨级）。

海门河  西起新江海河，东至启东市三和港。境内长2.11公里，全在川姜镇。1994年规划为七级航道（50吨级）。

2008年末，通州境内等外30吨级航道共32条：九洋河、团结河、秦灶竖河、英雄竖河、老通吕河、刘十河、农场中心河、兴石河、新闸河、金沙横河、刘新河、东社竖河、东余竖河、翻身河、恒兴横河、红卫河、海晏横河、金西竖河、滥港河、牛海横河、南兴横河、平五河、二窎竖河、四安中心横河、十总竖河、望江河、新坝河、新坝中心横河、平东中心竖河、小海河、小李港河、忠义竖河，总里程276.85公里。等外10吨级航道24条：大寨河、姜川河、金通河、金西横河、老九圩港、庆丰竖河、石南河、十总横河、同乐竖河、吴家港河、天星横河、五甲竖河、五甲闸竖河、五新中心横河、新捕河、赵甸横河、新三十里河、向阳河、余北竖河、雁港河、杨港横河、跃进六河、袁灶竖河、忠义横河，总里程124.83公里。