1998年9月16日，境内第一条铁路——新长铁路通州段开工兴建。新长铁路北起江苏新沂，南至浙江长兴，全长537公里。通州段8.97公里，途经平潮、平东二镇，建有通扬运河桥（112延米）、九圩港桥（176延米）2座铁路桥。2000年6月，铁轨铺设竣工。12月21日上午9时10分，南通市举行新长铁路首发仪式，通州段建成通车。2006年1月，新长铁路南通至南通东路段开工，2007年4月通车，全长15.9公里，通州段7.58公里，途经兴仁、先锋二镇。2009年6月，通州境内共有铁路16.55公里。