20世纪90年代初，县（市）水利局内设水政科，负责水利法制建设规划、水法宣传、水行政许可及许可后检查监督等。1995年12月建立的市水政监察大队，负责水政执法监察和水事案件查处。市水利局多次组织水政监察人员参加省、南通市培训和考试，提高政治和业务素质。1998年，市水利局被省水利厅评为水政工作先进单位。至2008年末，全市共有80人持有水政执法证，其中绝大部分具有相关专业技术职称。

2002年以前，水事违法案件大多为水管单位报告和群众举报。2003年起，市水政执法机构变被动应付为主动巡查，建立巡查制度，将全市划分为26个巡查区域，每个区域都有专人负责巡查。水政监察大队每月不少于4次执法督察，每季度组织一次大规模普查活动。同时注意将防范水事案件发生的关口前移，变事后查处为事前防范，在制止和查处水事案件中，先主动对当事人和周围群众进行水法规宣传，再依法查处，取得查处一件，教育一片的效果。1998年3月，先锋镇苏家棣村7组一村民以乡政府收取2000元临时用地费和曾派人到场放样为由，在通甲河南岸青坎上违章建造3层楼房。市水政监察大队接到群众举报后，随即赶到现场，经过调查取证、立案报批和告知等程序，对违章村民作出限期拆除违章建筑的决定，并责成先锋乡政府退还收取的临时用地费。通过查处这一案件，对原先也想在河边建房的村民起到教育作用。2004年2月，南通山峰色织有限公司为解决用水困难，利用春节期间在厂区内私凿一口深井并投入使用。该公司系通州市知名企业，对社会贡献较大。面对各种压力和挑战，水政执法人员反复上门宣传教育，一方面坚持依法办事，另一方面设法从其它途径帮助企业解决用水问题，最后以将私打深井回填，并处罚款1万元结案。

1993—2008年，全市共查处在河道非法取土、非法凿井、非法占用水利工程用地及在行水河道上非法设障等水事违法案件449起，立案105件，罚款44万多元，当年结案率均在95%以上。