1998年以前，水利工程建设大多由水利部门自行组织实施和监督管理，施工和监理往往混在一起，缺乏规范和有效的监管。1998年新一轮江海堤防达标工程上马时，市水利局确立“工程优质，人员优秀”的目标，逐步推进工程建设管理规范化。当年下半年开始，市水利局从系统内抽调12名责任心强、施工和质量管理经验较为丰富的工程技术人员，分成通西、通海、通东3个组负责护坡工程监理，对水利工程建设实行项目法人制、招投标制、监理制、合同制。同时成立江海堤防达标工程建设管理处，全面履行项目法人职能，对工程质量实行终身负责制。凡50万元以上的工程，全部到建设工程有形市场公开招投标，从工程信息的发布、资质审查、招标文件和标底编制以及评标开标的全过程，均由市招投标管理机构和纪检监察部门进行监督。护坡、涵闸等工程，由具有相应资质等级的单位进行监理。在营船港闸、新江海河闸、双桥闸建设中，先后对优选设计方案、工程监理、老闸拆除、筑围堰、闸主体施工、设备和材料采购等方面多次组织招投标，其中优选设计方案招标、工程监理招标，在南通市水利系统属首例；自动化控制系统设备采购招标，委托相关业务单位和人员办理，实行招标代理制，在南通市水利行业也属首创。工程建设中坚持以质量管理为中心，质监、监理、施工、设计等参建各方严把工程质量关。市水利局领导和工程技术人员经常深入工地进行强制性检查。每到施工关键时刻，如护坡工程的土层夯实、格梗浇筑、砌石留缝、混凝土振捣、建筑物工程的地基处理、板桩打入、底板浇筑等工序，做到每道必检。对建筑材料严格把关，规定砌石护坡一律使用苏州、湖州麻石，禁止使用江阴石及其他风化石；黄砂、石子、水泥、钢筋、土工布都要经抽样检验合格后才能使用。监理人员坚持跟班旁站。施工单位执行“三检制”，每完成一道工序都由班组长初验，施工队长复检，项目经理和技术员最后把关合格后交给现场监理，经监理工程师验收合格后方可进入下一道工序。经省和南通市水利主管部门验收，通州市1998年、1999年、2000年3个年度的堤防达标工程及营船港闸、新江海河闸改建工程，均被评为优良工程，其中1998年度堤防达标工程获南通市政府一等奖（以后此项奖评比停止），营船港闸和新江海河闸改建工程被评为省优质工程。2001年，受国务院委托，长江水利委员会派员对通州江堤达标工程进行破坏性检验，分别在建成的灌砌护坡上凿洞、新建的闸墩上钻孔抽芯取样数十处，检验结果都达到质量标准和设计要求。在抓好工程质量的同时，狠抓廉政建设。在营船港闸、新江海河闸、双桥套闸建设中，为防止不正当行为和职务犯罪，市水利局邀请市检察院领导给有关人员上警示教育课，与有关工程建设负责人共商反腐倡廉、预防职务犯罪的措施，明确监督的重点和环节，检察机关分别与项目法人和施工单位签订检政、检企廉政共建协议书，从项目的招投标、发包转包、签订合同、材料设备采购，到工程质量验收、经费结算，都有检察人员全程参与监督。市水利局内部还建立工程项目通报、难题会商、经费使用多层把关和纪委书记全面介入等一系列制度，把达标工程放在“阳光”下操作，保证“双优”目标的实现。市水利局曾在南通市建筑工程专项治理会议上介绍建设管理经验。2000年以后，市水利局将在江海堤防达标中积累的建设管理经验广泛应用于全市各项水利工程，规定凡10万元以上的水利工程都要进行招投标，县乡河道疏浚、农桥改造等水利工程施工都实行社会化监理，这在南通市和全省也属首创。

2003年，市设立农村水利建设工程处，各镇相应设立农村水利建设项目部，各镇行政一把手为农村水利建设项目建设的第一责任人。

2006年出台《通州市农村水利建设行业管理办法》，规范农村水利建设管理行为。市成立农村水利建设行业管理办公室，下设综合组和工程组，对全市范围内的河道疏浚、农桥改造等工程建设实行行业管理。规定全市所有的农村水利建设工程都必须面向社会公开招标，招聘有资质的监理公司对河道疏浚、农桥改造等工程实施全面监理。强化农村水利建设过程控制，实行工程报建制、工程标准件（河道疏浚样板段）认可制、工程监理结论制。2007年起，实行工程项目公示制度，将已完工的工程项目在醒目处设公示牌，并在《通州大众网》上公示，还设立举报电话，对举报属实的举报人给予一定奖励，将项目建设全面纳入社会监督之中。