20世纪90年代以后，随着水利工程设施不断增加，市水利部门逐步确立“工程上马，管理跟上”和“实施江海堤防达标，水利管理也要达标”的指导思想。2000年，全市水利工作会议提出“建管并重”的指导原则。此后，从改革水利管理体制入手，由重建轻管向建管并重转变，由只抓实物工程管理向既重视实物工程管理，又注重加强水资源和水环境管理转变。通州市水利管理改革创新的经验，受到上级领导高度重视和评价，市政府领导曾被指定在全国水利工程管理体制改革会议上介绍经验。2004年2月，市水利局被省水利厅表彰为2003年度全省水利改革创新先进单位。