1993年夏，龙卷风、冰雹、暴雨“三害”。6月28日18时至29日凌晨，骤降大暴雨，部分地区遭龙卷风、冰雹袭击，庆丰、二窎、十总、唐洪、五甲、五总等13个乡镇130个村受灾，灾情之重，损失之大，史所罕见。全市受灾农户7624户，死亡6人，重伤54人，轻伤387人；倒塌民房3373间，损坏7410间；6.07万公顷农作物严重受灾;45家企业停产，江海堤防雨淋槽沟遍布，流失土方2万多立方米，直接经济损失4100多万元。7月中旬至8月中旬又连续阴雨，雨日29天，降水377.3毫米，部分地区遭龙卷风、冰雹袭击，五接、平潮、李港等10个乡镇遭灾，死亡1人，重伤8人，轻伤21人。由于暴雨强度大，降水量多，汇流急，水情突变，主要干流水位猛涨。全市8万公顷农田受淹，造成直接经济损失4700万元。灾害发生后，市委、市政府和水利、农业、民政等部门的领导带领工作人员赶赴灾区，了解灾情，慰问灾民。市防汛防旱指挥部及时指令沿江沿海涵闸开闸排水，组织力量突击拆除内河坝头坝埂，降低内河水位和排除田间积水。市水利局组织力量，实地考察水毁工程，与乡镇共商抢修方案。交通、供电、电信等部门抓紧抢修线杆、线路，迅速恢复供电和通讯。各乡镇、村发动群众，开展生产自救和灾后重建，保持社会稳定。

1996年风、潮、洪灾害。8月1日，8号台风前锋过境，沿江沿海地区风力7～8级，阵风9级;长江上游洪水下泄，大通流量持续在7万立方米/秒左右；当时正值农历六月半天文大潮，受风、潮、洪的共同影响，水位迅速上涨。8月1日凌晨，小李港潮位达到5米，营船港潮位达到4.7米；江面浪高达2米，江堤、海堤、洲堤全线告急。开沙洲堤标准低，经大风巨浪冲刷，北堤有320米长漫水。二号滩、江边渔场、东方红农场等老圩堤，通州港区、开沙国税局新围堤相继塌方或破圩。主江堤浪洞丛生，海堤洗坎、土方流失严重。据统计，全市江、海、洲堤共损失土方10.93万立方米，石方1.25万立方米，外小圩缺口180米。险情出现后，市召开专门会议，动员干部群众紧急行动起来，把抗台作为压倒一切的大事。市防汛防旱指挥部先后5次向有关乡镇发出抗台紧急通知。通东、通海、通西3片都有市领导坐镇指挥。一位副市长在通西堤防坚守5天，待汛情平稳后才撤离。各乡镇领导在关键时刻都坚守岗位，带头抢险救灾，既当指挥员，又当战斗员。在开沙岛危急时，市领导及时作出抢险保堤和撤离疏散同步实施的决策，稳定群众情绪，使他们增强保堤保家乡的决心和信心。青龙港开上海的客轮和通沙汽渡的渡轮，在接到南通市防汛防旱指挥部命令后，于第一时间顶着狂风巨浪驶至开沙，轮船难以靠岸，五接派出所干警将必须撤离的人员一个个背上船，不到20分钟，开沙岛疏散到江北的200人，全部被江北的干部群众接回家中。与此同时，岛上的青壮劳力个个上堤，运泥抢险，并把家中所有能用的工具、物料都拿出来使用。此次参加抢险的共有2320人，抢做土方2.2万立方米。台风和大潮过后，五接乡又组织350人抓紧抢修和加固堤防，堵塞浪洞，赶在农历七月初大潮汛前加做土方8000多立方米，确保汛期安全。

1997年台风灾害。8月18日夜至19日，受11号台风侵袭，普降暴雨和大暴雨，沿江沿海风力9～10级，阵风11级以上，8级以上大风持续40小时，过程雨量150.1毫米。8月19日凌晨，小李港闸、营船港闸和团结闸潮位分别达到5.5米、5.05米和5.35米，均超过历史最高潮位。此次风力之强，雨量之大，潮位之高，为历史罕见，人民生命财产和工农业生产遭受重大损失。全市共伤亡37人，其中死亡8人，重伤6人;民房损坏6682间，其中倒塌1498间，严重损坏2127间。6万公顷农作物受灾。许多企业的设备、产品、原辅材料受损严重，造成部分企业停产或半停产。一些地区的供电、通讯中断。部分学校的房屋受损。沿海渔船受损34艘，其中沉没10艘，失踪4艘，另有4艘被巨浪打碎。海堤护坡块石被打乱打翻7750立方米，严重地段垫层淘空。刚修整过的通东新中斜堤1.4公里的干砌石护坡，几乎全部被巨浪掀翻，最大空洞有90多平方米。江海堤防流失土方14万立方米，通州港区1.1公里的江堤被削坡三分之一，最窄处只剩50厘米；通西主江堤浪洞密布，挡浪墙基础被淘空，墙身倾斜歪倒。全市因台风造成经济损失达1.7亿元。在重大灾害面前，各级领导都坚守指挥岗位，带领人民群众奋勇抗御。8月17日（11号台风侵袭前一天）下午，市委、市政府主要领导召集有关部门负责人研究分析防台形势，就台风可能造成的影响进行预测，完善抗台预案，并通过电台、电视台向全市发出防台防汛警报。18日，市政府又召开广播动员大会，要求各级各部门帮助危房中的居民迅速转移，沿江沿海涵闸要确保正常运行，并立即预排水4000万立方米，有效地降低内河水位。当晚，市四套班子领导分别奔赴第一线，和乡镇干部一起上堤逐段巡查，发现问题及时处置。18日子夜，江海堤防相继告急，市及乡镇领导带领2000多名抢险人员，在堤上奋战一通宵。19日晨，又调集车辆抢运10.95万只编织袋、6000平方米土工布、13立方米木材等防汛物资，突击堵塞堤防天沟浪洞千余处，抢做土方6.4万立方米。市公安局得知水山码头江堤出现险情时，由局长带领80多名干警赶到现场抢险。南通农场、东方红农场及在水山施工的外地工程队，也抽调200多名民工助战，保住了水山码头。20日晨，市人武部集中300多名基干民兵，赶到南部沿江抢修江堤。当小李港闸出现险情时，市政府和水利局的领导带头跳入齐腰深的急流中，用门板、编织袋挡水护闸。当五接开沙岛和北岸江堤及平潮九圩港口、李港打仗圩、弯耳圩等处出险时，平潮、五接、李港三乡镇共组织1500多名干部群众突击抢修堤岸。开沙的群众还从家中拿出棉絮、晒单、花帘、门板、渔网、编织袋等物资抢险护堤，确保堤防安全。