境内农村河道因多年雨水冲刷、河坡坍塌及不当的人为因素（削坡种植、往河道里倾倒垃圾等），造成河床淤积垫高，河槽容积量逐步减少。1993年—2009年6月，对农村河道分三个阶段疏浚整治：

1993—2002年为第一阶段，主要利用农民劳动积累工进行河道疏浚，省和南通市对县乡河道疏浚工程不拨付资金补贴，只对配套建筑物给予适当的资金补助。受资金制约和传统水利观念的束缚，市级河道作为省级重点农水项目区的龙头工程，每年疏浚1~2条段，而乡级河道疏浚进展缓慢。10年间，累计疏浚县乡河道292条（段）、755.94公里，完成土方1760.87万立方米。其中县级河道23条（段）、135.11公里，完成土方590.01万立方米；乡级河道269条、620.83公里，完成土方1170.86万立方米。

2003—2005年为第二阶段，县乡河道疏浚工程由省和南通市列项补助集中整治，并由各级政府列为为民办实事工程，河道疏浚整治工作快速推进。3年中共疏浚整治河道101条、395公里，完成土方772万立方米，其中县级河道9条、66公里，完成土方197万立方米；乡级河道92条、329公里，完成土方575万立方米。通州市将河道疏浚取出的淤泥替代窑厂从农田取土制砖的经验，省政府在全省推广。北兴桥镇新闸村通过民办公助的形式，成功筹集资金投入河道疏浚的做法，被《中国水利报》报道，受到省内外高度关注。

2006年—2009年6月为第三阶段，省和南通市除对县乡河道整治继续给予补助外，并将村庄河塘整治作为党员先进性教育、为民办实事工程，在资金上给予重点倾斜和扶持，省、南通市和通州市财政对河道（河塘）疏浚整治补助每立方米土方分别为5.8～6.8元、2.6元和2.5元。在近四年时间内，共疏浚整治市县级河道19条（段）、193.71公里，完成土方427.14万立方米；乡级河道197条（段）、865.66公里，完成土方1097.23万立方米；整治村庄河塘5655条（个）、2739.39公里，完成土方2839.9万立方米。

从1998年起，节水灌溉经过由点到面的试验示范，2000年为推广高潮期，2001年以后进入稳步发展期。节水灌溉采取以建设防渗渠道和实行水稻浅湿灌溉为重点，多元化投入，工程、技术和管理三项措施同步实施。至2005年末，全市累计建设混凝土防渗渠道2181.5公里；建成节水灌溉示范项目4个，其中国家级1个，省级3个；发展工程节水面积2.03万公顷，全市80%以上的水稻面积实现浅湿灌溉。经试验分析，防渗渠道水利用系数达到0.978，比土渠提高0.269；水稻亩均节水170.2立方米，节电18.8千瓦时，省工节本21.88元；粮食水分生产率从1997年的1.37，提高到2003年的1.56，符合国家生态示范区一类地区标准。

通州市第一个国家节水灌溉示范项目建成于2002年6月，项目分布于四安、姜灶两个镇的4个村，工程节水面积244公顷，其中四安镇刘园村45.07公顷、龙坝村60.27公顷、庵东村113.33公顷，姜灶镇利民村25.33公顷。项目总投资300万元，新建和改建泵站6座，建设防渗渠道10.75公里，建成微喷滴灌系统3个，自动化控制系统1个，对当地及周边地区节水灌溉的发展起到示范带动作用。

2006—2008年，按照“统一规划、集中连片、突出重点、民办公助、整合资源”的原则，实施石港镇节水增效项目工程，投资300万元，新建改建电灌泵站5座，新建渡槽1座，新建地下暗管渠、管道5.15公里，新建防渗渠道20.5公里，新建过路涵洞60座，渠系控制闸35座，完成节水灌溉面积233.33公顷。同时还先后实施了平潮镇侯桥小圩治理、新联镇边界工程、海晏镇垦区水土流失治理、五甲镇中和村农田水利建设工程以及石港、金沙、刘桥、十总、姜灶、兴东、平东等7个镇的12个村节水改造工程，总投资1500余万元，新建、改建、修建泵站42座，新建暗管U型渠道103公里，灌区规模优化，灌溉泵站的装置效率和渠系利用率得到提高，也在一定范围内缓解水资源紧缺的矛盾。

1992年调查，全县因排灌障碍形成的中低产田达2.97万公顷，主要表现为排涝标准小于3年一遇，抗旱标准小于50天，防渍地下水埋深小于1米，沟渠配套率小于40%，盐碱度大于0.4%。

对中低产田的改造，采取工程、农艺、管理三项措施并举，洪、涝、渍、旱、盐碱综合治理，提高农田抗灾能力。经过各部门合力攻关，以水利、农业措施为主体的各项服务配套，农业、国土、农业资源开发和发改委等部门分别立项，各有侧重地进行集中连片治理，使中低产田向高产稳产田转化。1993—2005年，通过河道疏浚、沟塘整治及农水项目区建设，累计改造因排灌障碍形成的中低产田2.78万公顷，占这类中低产田面积的93.39%。2006年—2009年6月，结合河道河塘整治、项目区建设、灌区改造，又改造中低产田1300多公顷。