1992年前，境内江堤总长19.5公里，其中通西江堤15.03公里，通海江堤主干堤2.38公里和港堤2.09公里。1994—1997年，先后两次对东方红农场江滩进行围垦，围堤长4.18公里。此外，还有汇丰三角圩堤0.5公里，张芝山二号滩及江边渔场圩堤3.86公里等。1998年，列入通州市达标建设的江堤总长28.04公里。2001年4月，南通市行政区划调整时，通海江堤除营船港闸及港堤保留给通州外，其余10.92公里堤防都划归南通市经济技术开发区。2002年，通西虹桥涵洞及两翼1.2公里的江堤划归南通市。通西江堤达标时，小李港闸、大李港涵洞改建外迁，堤线缩短约1公里。2001年7月，海门的新江海河闸移交通州市管理，通州增加港堤约0.6公里。到2008年末，通州市共有江堤15.52公里，洲堤7.81公里。

从1993年起，江堤达标建设分为两个阶段：第一阶段为1993—1997年，此期间江堤建设以保度汛为目标，按照当时省定标准，对通西时家亭子、打仗圩、五接敬老院、通海新开闸以东等堤身低矮单薄堤段加高培厚。1994—1995年，通西江堤因取土困难，投资100多万元，在堤顶外顶角建装配式挡浪墙9.3公里，以替代江堤高程达标。1996年8号台风侵袭，开沙洲堤及通西、通海江堤水毁损失严重，台风过后及时进行水毁修复。从当年冬至翌年春，市政府投资120万元，重点对开沙洲堤进行加固，九一圩、教育滩、老北圩等堤段实现土方达标，并在部分险段建干砌块石护坡。1997年11号台风过境，江堤遭受重创，暴露出原建设标准低，防护工程少且质量差等问题。1997年10月，省水利工作会议提出“用三至四年时间实现江堤全面达标”的要求，通州市政府及水利部门加紧进行各项前期准备工作。1998年2月—1999年5月，为江堤达标建设的第二阶段：（1）实施江堤土方达标工程。先后投入资金684.6万元，完成通西江洲堤和通海江堤达标土方61.9万立方米；（2）实施江堤防护工程。在堤防迎风顶浪处建灌砌石坡，非险要处建干砌石坡（在1998年长江特大洪水后都改建成灌砌石坡）或钢筋混凝土护坡；在堤顶高程达不到规定标准的情况下建挡浪墙（墙高不得超过1米）。先后投入资金3939.4万元，在通西建江堤护坡1.08万米、挡浪墙8402米，在开沙洲堤建护坡685米（含石坡接高）；在通海江堤建护坡1.07万米（含部分石坡接高）、直立式挡土墙1168米，共完成土方22.7万立方米，石方7.5万立方米，混凝土3.04万立方米。江洲堤除李港船厂等极个别堤段外，都实现了迎水坡护砌化。对通西原居住在内青坎上的70多户居民进行搬迁，拆迁房屋9730平方米。2000年5月至8月，在通西、通海江堤内青坎实施填塘固基工程，完成土方21万立方米。

1998年长江特大洪水后，省水利厅决定在长江堤防险要处实施抛石护岸工程。通州市抛石工程于2002年9月开工，2003年1月完工，抛石长度4794.5米，完成抛石量4.75万立方米，共投入资金554.2万元。至此，江堤达标工程基本完成。

为便于防汛和工程管理，1998年5月下旬至7月初，在通西、通海修建堤顶公路13公里，其中通西10.6公里，通海2.4公里。实际投资188.5万元。新建的堤顶路为实施江堤达标工程提供了便利，但由于设计标准低（简易砂石路面），加之通西沿江开发，限载设施拆除，通海营船港两侧砂石堆场多，载重车辆通行频繁，2000年以后，这些堤顶路就逐步损坏，路面坑洼不平，不能适应交通要求。

境内海堤全长16.16公里，为抵御风浪侵袭，每年都要进行维修加固。1993—1997年，主要是通过修补险工险段，逐年加高培厚。1996年8号台风过境后，作为以工代赈工程，国家拨付资金、市财政同比配套资金共200多万元，对新中斜堤老石坡进行翻建，在纳潮涵洞至排淡涵洞之间新建部分干砌石坡，修建团结闸至新中闸堤顶路6公里。新建的堤顶路在抗击1997年11号台风中发挥了重要作用，但新中斜堤干砌石坡水毁严重。

从1998年开始，按照省海堤重点部位达标的要求，进行新一轮海堤达标建设。先实施土方达标工程，1998年上半年对新中斜堤二平台和新中闸左翼1400米长的堤段加土；新中闸至遥望港闸余下的6116米长土方工程，于1999年汛后完工，共投资156.71万元，完成土方26.42万立方米。新中闸至遥望港闸堤顶路工程，共投资185.9万元，于2000年汛前实施。土方达标后紧接着实施防护工程，1998—2000年，先后投入资金1270万元，在新中斜堤、团结闸两翼、纳潮涵洞右翼、新中闸左翼、恒兴涵洞两翼、海丰靶场等险段建护坡4500米（大多为灌砌护坡，新中斜堤段护坡标准最高）；在新中斜堤二平台护坡顶建弧形挡浪墙1639米、团结闸至新中闸建堤顶城墙式挡浪墙6202米、新中闸右翼整治丁坝1条长120米、新中斜堤坡脚滩面建砌石棱体1600米，共完成土方5.9万立方米，石方1.6万立方米，混凝土1.08万立方米。

2008年4月，通东滩涂南区围垦堤防土方工程结束后，接着于当年6月，按2级堤防的标准，实施7667米长的海堤达标工程，总投资1.1亿元，土方工程180万立方米，耗用块石35万吨。土堤身达到顶高8.4米、顶宽8米，迎水坡为复式护坡，坡比1∶3，在高程5.0米处设5米宽的二平台；背水坡1∶2.5。在堤身达标的基础上实施防护工程，迎水坡在坡脚高程2.0米处建2米宽的砌石棱体，堤身建复式灌砌块石护坡，堤顶建挡浪墙及堤顶路；背水坡用厚40厘米黄土覆盖，并种植草坪防止水土流失，堤脚设有20米宽的内青坎。2009年1月通过竣工验收。

境内沿江由西（上游）向东（下游）有9座涵闸，沿海由南向北有7座涵闸。这些涵闸大多建于20世纪60—70年代，经过多年运行，逐渐老化损坏，成为病险涵闸。从1995年起，先后对病险涵闸进行新建、改建或改造。

对沿江小型穿堤涵闸均按100年一遇高潮位设计，200年一遇高潮位校核。新建和改建的大李港涵洞、公字涵洞和二号滩涵洞，洞身长30米左右，均为现浇混凝土箱式结构，平面钢闸门配手电两用螺杆启闭机，单体工程造价在100~130万元之间。改建的小李港闸、新捕河闸、新开闸，设计排涝流量均为80立方米/秒，单孔水闸，闸孔径分别为6米、6米和10米，闸室为钢筋混凝土整体平底板（新开闸为Ｕ型结构），双向消能，配升卧式平面钢闸门、绳鼓启闭机，闸上游侧设公路桥，单体工程造价小李港闸为412.6万元，新捕河闸为401.7万元，新开闸为365万元。

位于开沙岛以北的“里沙”在2001年、2003年两次匡围后，2007—2008年进行堤身达标建设的同时，先后实施开沙引江口门调整工程。在新围堤东、西段各建引排涵洞1座，按长江堤防达标建设标准设计，钢筋混凝土箱形结构，孔径分别为2×2米和2×2.5米，洞身长均为32米，配双向止水暗管式铸铁闸门，采用手电两用螺杆启闭机，工程造价分别为276万元和338万元。

地处通启河入江口的营船港闸老闸为五门闸，建于1960年，因原设计标准低，老化严重，经省水利厅批准，拆除老闸后于原址建新闸，与南通经济开发区投资兴建的通港大桥同步实施。新建闸为挡潮节制闸，按Ⅱ级水工建筑物设计，抗震按6度设防，挡潮按100年一遇设计，300年一遇校核，设计引水流量为117立方米/秒。闸室共3孔，每孔净宽8米，配升卧式钢闸门，安装液压启闭机3台，共用一套启闭系统，并设有自动化监控系统。新建的通港大桥位于闸上游侧，闸室与桥墩、桥面等结构分开，各自成体系。桥5跨总长45.5米，桥面22米（行车道）+2×2米（隔离带）+2×4米（人行道和安全带），共宽34米。闸（桥）工程于2000年3月开工，2001年3月完工并投入试运行。实际投资1840.55万元。

位于海门江心沙农场的新江海河闸，2001年由海门市移交给通州市管理。老闸建于1978年，当时设计标准低，地基处理难度大，闸建成后，不均匀沉降严重，一直带病运行，经鉴定为四类闸，由省水利厅批准移址改建。新建闸位于老闸上游200米处，为挡潮节制闸，按Ⅱ级水工建筑物设计，抗震按6度设防，挡潮按100年一遇设计，300年一遇校核，设计排涝流量为313立方米/秒，引水灌溉流量为410立方米/秒。闸室共3孔，中孔净宽12米，两边孔各宽10米，升卧式平面钢闸门，液压启闭机，配有自动化监控系统。闸下游侧设7米净宽-汽20挂100公路桥。在建新闸的同时，对保留下来已不能起挡潮作用的老闸进行改造，将西边两孔合并成1孔为通航孔，7门闸改造成为6门闸。新闸与老闸配套后，新江海河闸就成为套闸。工程于2002年9月15日开工，2004年10月完工。新闸工程投资3224.72万元，老闸改造经费296.9万元，两项合计投资3521.62万元。

对沿海的3座小型病险穿堤建筑物分别进行改建和改造。纳潮涵洞和恒兴涵洞进行改建，按50年一遇高潮位设计，洞身长均为30米，现浇混凝土箱式结构，孔内径分别为2×2米和3×3米，平面钢闸门配手电两用螺杆启闭机。两涵洞于2000年12月同时开工，2001年8月完工，实际投资分别为143万元和150万元。新中闸进行维修加固，将胸墙、隔水墙拆除，改建钢闸门和公路桥，改造启闭机房，配置发电机组1台套，于1998年4月开工，当年7月完工，实际投资42.12万元。该闸虽经加固处理，但仍属病险水闸。2006年10月至2007年12月，实施新中闸拆除重建工程。新建闸位于老闸上游55米处，设计流量55立方米/秒，排涝面积16.6万亩。闸身U型钢筋混凝土结构，闸室单孔净宽6米，闸底板顶面高程-1.0米，闸室内河侧设交通桥，桥面净宽5米，平面直升钢闸门，卷扬式启闭机。工程投资643万元，完成土方5.87万立方米，石方4550立方米，混凝土3676立方米。

2008年2月，实施遥望港闸除险加固工程。该闸建于1974年，3孔，每孔净宽8米，具有排涝、排咸、挡潮、通航等功能，经30多年运行，闸主体结构碳化严重，岸墙、翼墙沉降变形，机电设备老化，经安全鉴定为三类闸。经省水利厅批准，于2008年2月至12月实施除险加固工程，主要建设内容为：拆建胸墙、排架、工作桥、两侧岸墙、下游翼墙及公路桥，闸墩混凝土进行防碳化处理，闸门槽改造；护坡、护底整修，更换闸门和机电设备，增设自动化监控系统，拆除并重建控制室，新建启闭机房，改造水文设施等。工程总投资1211万元，完成土方10.3万立方米，石方1500立方米，混凝土3900立方米，金属结构制作安装81吨。

2009年2月，实施团结新闸建设工程。老团结闸建于1971年，已运行30多年，老化破损严重，经安全鉴定为三类闸，列入省海堤重点段达标计划。结合通东滩涂围垦，于老闸下游3.3公里处建新闸。新闸按100年一遇高潮位设计，300年一遇高潮位校核，排涝标准按20年一遇，设计排涝流量210立方米/秒。新闸为3孔，中孔为通航孔，净宽10米，敞开式结构，配翻转式交通桥，采用移动桁架启闭闸门；两边孔各净宽6米，闸底板高程-1.8米。闸室下游侧设交通桥，桥面净宽7米，设计荷载等级为公路Ⅱ级，上下游设置护底、消力池、防冲槽。上游引河连接段两侧各200米，下游引河及港堤460米，丁坝120米。计划总投资2860万元，工程量土方15.3万立方米，混凝土9000立方米，浆砌石2000立方米，干砌石800立方米；闸门3扇，安装启闭机5套、自动化控制1台套，钢结构制作200吨。工程计划于2009年底完工。

1993年—2009年6月，分别对3座内河水系控制建筑物——二甲节制闸、双桥套闸、云台山闸进行新建、改建。新建的二甲节制闸为1993年度南通市农补项目，该闸位于二甲镇余西竖河上，是通吕与通启两水系控制建筑物之一。1993年4月动工，当年12月竣工，设计过闸流量30.6立方米/秒，单孔净宽5.0米，直升平面钢闸门，绳鼓启闭机，总造价86万元。重建的双桥套闸，也是通吕水系与通启水系控制建筑物，老闸建于1976年，经鉴定为四类闸。由省水利厅批准，将老闸拆除，于距原址上游1公里处重建新闸，老闸处河道按设计标准疏浚整治。新闸防洪按通吕河50年一遇设计，100年一遇校核，建成后20年为设计水平年。闸首、闸室按Ⅲ级水工建筑物、靠船墩按Ⅵ级水工建筑物设计。闸首净宽12米，闸室净宽16米，闸室长140米，门槛水深3.1米，底板顶高程-1.8米。上闸首布置汽-20挂100公路桥，桥面总宽24米，净宽21米，升卧式平面钢闸门，绳鼓启闭机，自动化控制，工程概算2803万元，经报请国家发改委、水利部列入2004年病险水库除险加固项目，2004年、2005年先后由国家补助930万元，省水利厅列入重点水利工程项目补助935万元，南通市补助150万元，其余由通州市政府从土地收益金中解决。工程于2004年2月开工，2005年8月完工，当年10月1日投入试运行。云台山闸是通西圩田水系与九圩水系的重要控制建筑物，该闸原为通航船闸，无法满足引排水功能，并且造成附近河段水污染严重。根据市人大代表的建议，于2009年3月实施云台山闸改建工程，拆除该闸上下游闸首，在原上游闸首位置建钢筋混凝土结构引水涵洞1座，孔径净宽2米，洞身长6.5米，采用双向止水暗管式铸铁闸门，配手电两用螺杆启闭机；下游加设防冲槽，对上下游河岸进行防护。工程造价75.2万元，完成土方3500立方米，石方280立方米，混凝土240立方米。