1993年起，全市先后投入资金32.77亿元，实施生态示范区30项重点生态工程。金沙镇、刘桥镇、兴东镇和石港镇志田村被列为省“611”工程中生态镇、村建设先行单位，严格实施各自的环境综合整治规划，加强工业污染治理和农业生态环境整治。1996年，志田村被评为省农业生态示范村，刘桥镇、骑岸镇、袁灶乡袁南村、骑岸镇张沙村、先锋镇苏家埭村被确定为南通市生态镇、村建设点。

通州市在扎实推进生态示范区建设的同时，积极开展创建环境优美乡镇和生态村活动，出台《创建生态示范区、环境优美乡镇和生态村实施意见》。2001年，通州被列为全国第六批生态示范区建设试点市。在生态示范区创建中，各镇结合实际情况，以实现农业经济效益和生态效益“双赢”为目标，以调整农业产业结构布局及控制农业污染源为重点，大力发展生态农业，开发绿色农产品。同年，启动“三清二绿”（清洁家园、清洁河道、清洁生产，加大绿化建设力度，促进绿色产品）工程。2004年12月，通州市全国生态示范区创建通过国家级验收，2006年3月被国家环境保护总局命名为国家级生态示范区。至2007年，金沙、平潮、二甲、石港、先锋、川港镇建成南通市级环境优美镇，兴东镇杨世桥村、西亭镇亭南村等40个村被命名为南通市级生态村，兴东镇孙李桥村农村环境综合整治获得省“以奖代补”资金支持，并通过省级验收。川港镇志浩村、兴仁镇徐庄村、金沙镇新三园村建成省级生态村；石港镇志田村、兴东镇土山南村（后并入孙李桥村）被省环保厅、农林厅命名为“百佳生态村”。

2007年启动生态市建设，市委、市政府出台《关于落实环保优先建设生态通州的意见》，委托南京大学编制《通州市生态市建设总体规划》，并通过省环保厅专家评审。

2008年，成立以市长为组长的生态市建设领导小组，并设立生态农业、城镇设施建设、生活垃圾处置、改水改厕、生态工业、河道整治与节水灌溉、环境保护等7个专业工作组和创建督查工作组，具体负责市、镇、村三级生态创建工作，形成完整的创建组织网络。召开宜居城市暨生态市创建动员会，对生态市建设工作进行动员部署。修编《通州生态市建设规划》，并经市人大常委会批准组织实施。城镇污水处理、垃圾收集处置，农村改厕等创建难点工作取得新突破。石港镇秸秆综合利用项目获得全国首批“以奖促治”资金扶持。

2009年1—6月，实施生态村庄、生态田园示范工程，扩大生态创建范围，推进农村分散型生活污水处理设施试点建设。先后在五接镇天后宫村建成500吨/日处理能力的生活污水处理设施，石港镇渔湾村、兴东镇孙李桥村试点建设50～200吨/日的农村生活污水处理装置。金沙镇太山村、二甲镇进东村获省级“以奖代补”资金支持，石港镇“以奖促治”资金项目通过南通市考核验收。