1993年—2009年6月，市环保局共处罚环保违法企业254个。1996年9月，市政府下发《关于取缔、关闭、停产一批污染严重企业的决定》后，市环保局依法对18个环境污染严重属国务院明令取缔关停的“十五小”企业进行取缔、关闭和停产处理，并联合工商、供电等部门进行督查。2000年，对观音山、先锋地区25个小染色企业实施关停，其中，3个企业被法院强制执行，严重影响执行公务的3人被行政拘留。全年出动现场监察790人次，查处环保违法行为54起。

2001年，贯彻全国开展严肃查处环保违法行为专项行动电视电话会议精神，组织开展专项行动，历时3个月，共出动检查人员155人次，检查企业159个，对12个环保违法企业进行立案查处；开设“12369”环保专线电话，24小时值班，专人受理举报。

2002年，开展“严查环境违法行为，遏制污染反弹”行动。对通启河、通甲河、通吕运河、姜张河、九圩港沿岸的印染、化工、精制棉、电镀、再生纸、钢丝绳等企业以及群众反映强烈、敏感地区的排污企业进行拉网式检查。立案查处12个环保违法企业，其中，行政处罚8个、限期改正4个，依法对9个企业加倍征收超标排污费。同时，市人大、市政府、市政协领导带队对全市79个重点污染源进行拉网式专项检查，对19个违法企业给予行政处罚，并依法调处环境污染纠纷325件，结案率100%。

2003—2005年，开展整治违法排污企业、保障群众健康环保专项行动，先后制定《通州市医疗废物管理实施细则》《通州市集中式饮用水源地环保专项整治行动方案》《通州市纠正企业违法排污专项行动实施方案》，重点清理威胁饮用水源安全、医疗固废、放射源的污染和隐患，处理建设项目、重污染行业的环保违法问题，共出动环保执法人员2761人次，检查企业2953个次、医院52个，查出放射源135株（在用5株、废弃130株），立案查处28个环保违法企业。

2006—2007年，开展以清理整顿不法排污企业、保障群众健康为主题的环保专项行动，重点放在通吕运河、通启河、九圩港、姜张河、通甲河一带敏感地区，加大城区扰民烟尘、油烟、噪声污染源、“十五小”“新五小”、印染、钢丝绳、电镀等行业环境监管。对全市地表水、地下水源保护地现状全面调查，划分水源地保护区，关闭日供水1万吨以上或饮用水源地二级保护区内工业排污口。共出动环境监察人员4427人次，检查企业2945个次，取缔集中式饮用水源地一、二级保护区域内排污口2个，依法查处违规建设项目13个、违法排放污染物企业21个，限期治理68个，配合市化工治理办公室淘汰25个不符合产业要求的小化工企业，对20多个企业加倍征收排污费，对91个企业实施行政处罚。

2008年—2009年6月，开展环境执法“六查一提高”（查污染源分布情况、企业环境管理制度执行情况、企业污染减排措施落实情况、企业污染治理设施完好和运转情况、环境监察机构人员及装备达标情况、环保部门环境监管责任落实情况，提高环保系统执法水平）活动，根据《通州市印染行业、化工行业污染整治工作方案》和《通州市印染行业污染整治“十项技术要求”》，对印染行业、化工行业进行专项整治。共出动环境监察人员2902人次，检查企业1812个次，对30个企业责令限期整改、4个企业实施停厂整改、8个污染企业关停，并对12个违法企业实施行政处罚。