1993年，全市新上污水治理设施7套，处理能力为6.73万吨/年，新上废气处理设施4套，处理能力为400万标立方米/年；全市废水、废气治理设施运转率分别为80%和88%，工业废水和废气的达标率均超过95%。1994年，市钢丝绳厂、南通长江钢丝绳厂和南通电力线路器材厂5台手工马弗炉全部改用电脑自控炉，收到降煤耗、增产量、少污染、减劳动强度的综合效果。是年，全市共有废水、废气、噪声治理设施377台（套），设施运转率84.2%，工业废水和废气处理达标率分别为92.3%和94%。1995年，在钢丝绳行业推广并普及电脑自控马弗炉。1996年，调查至机场、港口、车站道路两侧200米范围内42个工厂的49台烟尘超标排放炉、窑、灶，后对其中6台进行改造；依法取缔、关停五接造纸厂制浆车间等18个污染严重企业；成功改造南通活塞厂熔铝炉。1997年，推行清洁工艺，开展埋地式无动力生活污水处理装置应用试点，完成安装调试30套；9个镀铬厂成功运用稀土镀铬添加剂，减少电镀企业污染物排放。

1999年，开展污染源限期治理达标排放工作，安装污水流量计50台、污染处理设施运行监控仪50台。长江流域30个重点污染源、全市55个一般污染企业及8个烟尘治理单位均如期实现达标排放，城区工业废水排放达标率首次达到100%。

2000年，推行“一控双达标”工程（工业污染物实行总量控制，工业污染物达标排放，地表水、声环境达到功能区标准），工业污染源基本实现达标排放；完成436个工业企业达标排放“一厂一档”。

2001—2002年，开展以电镀、造纸、印染、钢丝绳为主的重点行业和重点地区污染整治活动，推进污染源远程监控自动化。对3个重点排污企业在排污口安装COD在线监测仪，3个企业试点推行污水处理设施市场化营运。推行集中供热和使用清洁能源，拆除或停用1吨以下燃煤小锅炉15台，建成大气自动化监测站，实行空气质量日报制度。

2003年，对全市所有镇以上医院进行全面检查，重点对市人民医院、市中医院增加监察频次，加大医疗废物和医疗废水监管力度。开展“清理整顿不法排污企业，保障群众健康环保”行动，加强对重点污染企业、环境敏感地区污染源的现场检查，有效地遏制污染反弹势头。依法处理市天发印染有限公司等4个环保违法企业，对不能正常使用废水处理设施且污染物超标排放的21个“十五小”企业，实施停产、限产措施。

2005年，投资近150万元建成工业污染源自动监控系统，重点开展印染、钢丝绳、电镀行业、饮用水源地保护和危险废物专项整治行动，对钢丝绳企业逐个进行规范化整治。全市有26个餐饮企业安装国家环境保护总局认可的油烟净化装置。

2006年，全面推行重点污染源污染防治设施标准化建设，完成19个单位自动监控系统独立机房建设，安装显示屏13个，联网41个单位，实现污染源远程监控自动化。

2008年起，推进市益民污水处理厂二期工程配套管网及北一环路污水收集管网建设。根据南通市钢绳行业整治要求，完善张芝山镇的5个钢绳企业废水集中处理。配合南通市对苏通大桥连接线沿线2公里范围内20根烟囱除尘脱硫，并对高度超过屋顶的14根烟囱进行改造。