2005年3月，通州市的核与辐射安全监督管理职能从卫生系统调整至市环境保护局，局内设核与辐射安全监督管理科，与污染控制科合署办公。12月1日，《放射性同位素与射线装置安全和防护条例》施行，明确环境保护部门监督管理放射性同位素、射线装置的安全和防护。2006年起，加强对放射源和射线装置使用单位的督查，配合省环保厅、南通市环保局对部分重点单位进行检查，要求辐射工作场所设置放射性标识和警示说明，并配备专兼职管理人员以及防护用品和监测仪器，建立健全安全管理规章制度及应急预案。至2009年6月，市环保系统中，3人获得核与辐射安全监督管理上岗资格证书，4人获得核与辐射监测专业技术上岗资格证书。

2006年，对全市射线装置进行申报登记，申报登记的涉源单位共34个，并与使用放射源的单位南通市肿瘤医院、通州市五总水泥厂签订《辐射工作安全责任书》。2007年，南通华特铝热传输材料公司购进Ⅴ类放射源1枚（Sr90），南通君威精密带钢有限公司购进Ⅳ类放射源6枚（Am241），并领取辐射安全许可证。对21个使用Ⅲ类射线装置单位办理的辐射安全许可证进行预审，并报南通市环保局审批，全市发证率63%。组织35人参加南通市举办的辐射安全知识培训，以提高辐射工作人员的安全意识和操作水平。2008年，五总水泥厂倒闭，使用的放射源（Cs137）上缴省放射性废物库收贮。南通四方罐式储运设备制造有限公司新建的1座X射线探伤室，达到国家规定防护标准，通过省环保厅验收，领取辐射安全许可证。全市32个医院使用的Ⅲ类射线装置全部领取辐射安全许可证。