1993年，《中共江苏省委、江苏省人民政府关于进一步加强环境保护工作的决定》颁布后，通州市严格执行环境影响评价制度，坚持建设项目“先评价、后建设”，对污染项目实行“三同时”（同时设计、同时施工、同时投入使用）保证金制度。1996年，根据《国务院关于环境保护若干问题的决定》，严格建设项目准入条件，鼓励能耗物耗小、污染物产生量少的清洁生产工艺，严禁采用国家明令禁止的设备和工艺，并把环境容量作为建设项目环境影响评价的重要依据。1998年，执行省环境保护委员会《关于加强建设项目环境保护管理的若干规定》，进一步强化对建设项目管理，实行项目分级审批、分类管理、总量控制，履行好“环保一票否决权”。2003年9月1日《中华人民共和国环境影响评价法》正式实施后，将“公众参与”列入建设项目环保审批的重要内容，以确保人民群众的生命财产安全。对环境可能造成重大影响的建设项目，要求建设单位在报批建设项目环境影响报告表（书）前，以举行论证会、听证会等形式，广泛征求有关单位、专家和公众意见。2007年起，督促指导开发区、专业园区及乡镇工业集中区编制区域环评，以解决一些区域内产业定位模糊，环境基础设施滞后以及因污染带来的社会矛盾等问题。

1993—2000年，通州市建设项目监管主要注重执行“三同时”制度。2001年起，逐渐转向对项目建设全过程监管，尤其是强化建设项目中后期环境管理，建立档案，实行动态管理，使“三同时”执行率保持100%。同时，加大环境执法力度，强化对试生产企业环保设施运转、调试情况督查，规范企业排污行为，从源头控制污染产生。对未经环保部门审批已经投产或环保设施未建成就投入生产的企业，依法责令其停止生产或使用；对未通过环境保护“三同时”验收擅自投入生产或建成后环保设施不能正常运行、污染物超标排放的，一律停产整改，限期申请验收。实行提醒告知制度，向符合试生产条件或试生产期将满，需验收的企业发放提醒告知书，提醒企业履行试生产申请或验收手续。对试生产逾期未验收的企业，发限期验收通知书；对竣工验收企业，加强环境监管，督促其保持污染防治设施正常运转，实现污染物稳定达标排放。根据《环境影响评价公众参与暂行办法》和《关于建设项目竣工环境保护验收实行公示的通知》要求，及时向社会公众公开建设项目审批和竣工环境保护验收情况，鼓励公众参与和加强社会监督，共同做好建设项目环境监管工作。

2001年7月，建设项目环保审批集中到市行政审批服务中心进行，共有建设项目环评审批、“三同时”项目验收、污染防治设施拆除或闲置审批、危险废物经营许可证及建筑施工场地夜间施工许可证、排污许可证申领、危险废物转移联单等7个审批项目，实行一站式审批和一条龙服务。2005年，市环保局由分管行政审批的副局长带队整建制进驻行政审批中心，创建环保审批“绿色通道”，简化审批程序，优化审批质量。