1993年起，通州市把河道污染整治作为全市区域环境治理和创建国家卫生城市的重点工程，并列入市政府为民办实事项目。至2009年6月，先后实施营船港水环境整治、城区水环境整治、南部地区废水治理、通甲河和姜张河疏浚整治等工程，进一步改善水环境质量。

观音山镇工业企业以纺织印染为主，大量印染废水排入营船港，导致营船港水质恶化。1993年前进行整治，营船港水体水质有所改善。1993年后，随着观音山镇工业快速发展，营船港水质再次恶化。2000年初，为根治营船港水严重污染问题，市政府第27次常务会议审批《观音山地区水环境污染整治方案》，再次实施营船港河污染整治，扩建泵站，延伸排江管道。工程于2000年11月动工，2001年3月竣工，总投资250万元。

1993年通州设市后，城区居民住宅不断增加，生活污水排放量增大，内河水质渐趋恶化。1995年，市政府投资209万元，疏浚新金一河和金沙横河，填塞新金二河，总长4.9公里。整治后，金沙横河河水高锰酸盐指数达到Ⅱ类标准，化学需氧量达到Ⅲ类标准，总体水质由劣Ⅴ类转为Ⅲ类。2002—2004年，实施城区水环境建设污水截流、城市防洪、开发区中心横河景观带建设三大工程，委托南京市政设计院、南通水利勘测设计院、扬州大学、清华大学等单位规划设计，总投资8340万元，面积约6平方公里，北起人民路，南至开发区中心横河，东临省道203线，西至竖石河。主要实施以金沙横河、开发区中心横河和唐灶港河（含西五河）、中心竖河、十五总港为框架的“两横三纵”河道整治和截污、绿化景观建设。共兴建提水站和调节闸6座，疏浚河道5.8公里，清淤13.5万立方米，河道护坡10公里。

2000年10月，在通州开发区指金桥村筹建城区污水处理厂（市益民污水处理厂），设计规模为日处理污水3万吨。2002年3月8日正式开工，9月28日一期工程竣工，日处理能力1.5万吨，总投资6600万元。对城区生活污水进行收集处理，采用A2O（生物脱氮技术）污水处理工艺，出水水质达到国家相关标准，然后通过管道排至通吕运河。2007年8月，启动二期工程（2万吨/日），总投资6700万元，2008年1月建成运行，城市生活污水处理能力提高到3.5万吨/日，废水排放达到《城镇污水处理厂污染物排放标准》（GB18918-2002）中一级A标准。同时，投资1300万元，扩建北二环路、青岛路等区域生活污水收集管网。污水处理产生的剩余污泥经浓缩脱水压成泥饼，由南通苏润实业集团有限公司焚烧处置。

2006年5月，市人大常委会通过《关于加快实施通海地区水污染综合治理项目建设的决议》；6月，市政府常务会议研究确定，按照“统一收集、集中治理、达标排放”的思路，实施通州南部地区废水治理工程，解决南部地区水环境质量问题。

2006年10月，南通地区首家镇级工业污水处理厂——南通欣源水处理有限公司在先锋镇建成投运。一期污水处理工程2万吨/日，项目总投资约3520万元，占地面积1900平方米，管网投资350万元，主要集中处理先锋地区印染企业生产废水，共有20个企业签定委托处置协议，各企业废水经预处理，污染物浓度达到《污水综合排放标准》（GB8978-1996）中三级标准（500mg/L）后，由其集中处理达标排放。2008年5月，通过南通市环境保护局验收。同年，联合南通市环保局及先锋镇政府，开展先锋地区通甲河流域综合整治。采取“打坝抽水、封堵源头；全线覆盖，彻查暗管；盘点设施，整治达标；理清管线，切断旁路；严格执法，铁腕治污；项目审批，挂钩联动”等措施，提出“印染企业设施必须达标运转、雨污必须彻底分流、应急必须具有备池、污管必须离开河道”等整治要求。至年末，先锋地区通甲河流域印染企业污染整治取得实效。

2007年，规划建设苏通大桥工业区污水处理厂（4.5万吨/日），主要收集处理张芝山、川港、姜灶镇和通州开发区南扩区域印染废水及部分生活废水。5月，南部地区污水处理厂投资建设方江苏皇宝环保工程发展有限公司成立，2008年3月，一期工程破土动工。至2009年6月，主体工程完成1#和2#CASS池、水解酸化池及南兴、双启桥泵站，配套管网工程完成污水收集主管道25.6公里、尾水排放管道2.2公里，并完成10个印染企业纳污支管建设。该工程建设实施，以改善通吕运河、通启河及新江海河水环境质量，为张芝山、川姜等镇经济发展腾出环境容量。