1993年起，全市继续推广将工业生产中产生的固体废物如煤渣等用于制砖，建筑垃圾由各单位自行处理，综合利用和处置率较高。1995年，创建卫生城市，居民生活垃圾实行袋装化，各居民点、道路两侧及公共场所均配有垃圾桶、果壳箱或建有垃圾屋，同时新建水冲式厕所，城市生活垃圾基本做到日产日清。医疗单位的医疗危险废物各自处理，工艺相对比较简陋，达不到规范化、无害化要求，引发了一些环境污染纠纷。

1993年4月，选定石港镇志田村低洼地、呆河塘作为生活垃圾填埋场，环卫工人将垃圾集中清运到指定地点，喷洒消毒剂，深埋覆土，至1995年8月，共填埋生活垃圾4.2万吨，复耕土地1.87公顷。1996年6月，利用金沙镇金东村十五组的低洼地、呆河塘建成生活垃圾填埋场，占地1公顷，总投资400万元，使用年限2年。1996年末，为实现建成国家卫生城市时限目标，决定再建城区生活垃圾卫生填埋场；三余等10多个乡镇也着手建设垃圾填埋场。城区新建的生活垃圾填埋场位于金沙镇同南村与斜北村界河处，距市中心约6公里，总投资2000万元，占地10公顷，垃圾填埋总容量近30万立方米，服务年限6年。一期工程投资872万元，占地3公顷，填埋容量近7万立方米，服务年限2年。1997年3月，委托南通市环境科学研究所承担环境影响评价工作，编制环境影响报告书，1998年投入使用，并通过验收。2005年，为解决城区原建垃圾填埋场容量偏小，不能满足居民生活垃圾无害化处理的需要，投资500余万元，建成日处理能力100吨的垃圾压缩中转站，9辆全封闭垃圾运输车投入使用，将生活垃圾送南通市生活垃圾填埋场处理。

2003年，以创建国家环境保护模范城市为契机，进一步加强对医疗废物管理。市卫生局、环保局共同制定《通州市医疗废物管理实施细则》，规范全市医疗废物处置工作。首先在２个市级医院、１个专科医院和６个中心医院开展规范化处置工作，委托南通清源工业固体废物处置有限公司收集处理，至2004年上半年，上述９个单位医疗废物全部得到规范化处置。2004年下半年，着手对镇级卫生院医疗废物进行规范化处置，至2005年3月，全市48个镇级卫生院全部实现规范化处置。至2009年6月，全市社区、村级医疗站（所）医疗废物亦实行规范化收集处置。

2006年，开展化工行业专项整治，对全市108个化工企业固体废物专项调查摸底，至2008年，关闭金沙镇国进钢球加工厂等污染严重的化工企业25个。2007年，开展感光材料废物专项整治，摸清全市39家POPS（持久性有机污染物）污染源分布及现状，并建立数据库。2009年上半年，编制《通州污泥无害化处置专项规划》，指导全市污泥处置无害化、资源化、减量化。