1993年—2009年6月，全市废水处理设施建设累计投入达1亿多元，先后对印染、化工、精制棉、钢丝绳、食品等行业100多个企业实施限期治理，共建废水处理设施116套，日处理能力3.5万吨。1997年起，市环保部门先后下发《通州市1997年—1999年污染企业限期治理计划》《通州市工业企业污染物达标排放工作实施方案》，配合做好长江流域污染源达标排放工作。至1999年末，列入省达标排放计划的30个重点污染单位和55个一般排污企业均完成限期治理任务。1998年，与城区12个工业废水排放单位签订工业废水限期治理达标排放责任状，并进行拉网式检查，加强现场监督。

1993年，在市内9个镀铬厂（点）推广使用稀土镀铬添加剂，改高铬钝化为低铬钝化，降低生产成本，减少重金属污染，推广成功率100%。南通江瑞皮革有限公司投资12万元，改造制革废水处理设施，去除废水中化学需氧量、色度、硫化物、氨氮、总铬等污染物，实现达标排放。市人民医院，市中医院，南通市肿瘤医院，市第五、七、八人民医院和市结核病防治医院新置YDJ-500型污水净化设备，处理医疗污水，经监测医疗废水均达到国家《医疗机构污水排放要求》。

1995年，南通盛达印染有限公司筹资160多万元，铺设至长江边的废水排放管道长12公里，直径30厘米，将废水处理达标后排入长江，减少对内河污染。

1997年，城区开始推广使用地埋式无动力生活污水处理装置，至1999年末，共安装这种装置413台，用于城区住宅小区生活污水处理。

2000年10月，在通州开发区指金桥村兴建市益民污水处理厂，对城区生活污水进行收集处理。2006年10月建成南通欣源水处理有限公司，集中处理先锋地区印染企业生产废水。2007年、2008年，苏通大桥科技产业园污水处理厂和通州滨海新区污水处理厂亦先后动工兴建。

2005年，以电镀、钢丝绳、精制棉等企业污染治理为重点，分行业实施专项整治，全市18个电镀企业、34个钢丝绳企业规范化整治排污口，改造完善废水设施实现达标排放。

2006—2008年，实施主要污染物COD（化学需氧量）减排考核。减排项目为：关闭市盟联纤维素有限公司、市新赛通纤维素有限公司和南通金鼎色织集团有限公司，新建益民污水处理厂二期工程，全市COD减排量1605吨，完成“十一五”时序进度的80.3%。2007年—2009年6月，实行COD排放总量审批制，先后审批恩达电路科技（南通）有限公司等5个企业建设项目，市南部地区4.5万吨/日污水处理厂工程等7个建设项目，江苏天嘉光电科技有限公司和南通宏洋毛绒制品有限公司羊毛增白流水线等2个建设项目的污染物排放总量，3年间区域内平衡COD分别为262.6吨、205.2吨和214.5吨。

2006年—2009年6月，开展废油加工行业环保专项整治，关闭平东通力废油加工厂，获得省环保专项资金120万元。对印染、化工等46个企业实施生产废水限期治理，强制执行14个企业废水回用，对逾期未完成治理任务的南通伊臣纸业有限公司和南通鑫丹叶化工颜料有限公司依法处罚。淘汰年产2万吨以下再生纸项目，实现废水循环零排放，南通阳阳纸业有限公司废水循环零排放工程获得省环保专项资金90万元。