1993年，城区烟尘控制区扩大到7.4平方公里，以后又逐年拓展。1994年，烟控区内有锅炉33台、窑炉13台、炉灶480台，其中，烟气黑度在林格曼1级以下494台，达标率93.9%，烟尘浓度可监测的锅炉29台，达标25台，达标率86.2%，达到《江苏省县级市城区烟控区建成验收办法》规定标准，烟控区覆盖率100%。1994年、1995年分别通过南通市验收和复查。1995年，刘桥镇、兴东镇完成省环保厅“611”工程农村环境综合整治的各项目标，镇建成区建成烟控区，并通过验收；1996年，结合创建省级卫生镇，三余、观音山、十总、骑岸、石港、小海、平潮、二甲、新联、西亭等10个镇均建成烟控区，并通过验收。

1993年3月，南通长江钢丝绳厂投资140万元，将钢丝绳热处理炉改造成电脑自控燃煤热处理炉（马弗炉），降低煤耗33%，提高热效率1倍。此法解决钢丝绳行业废气严重污染问题，被环保部门在全市推广。

1995年11月，南通活塞厂筹资32万元，对燃煤铝熔炉进行改造，自行设计制造TH-95型1.2吨燃油熔铝反射炉，排放的烟尘浓度和林格曼黑度均达到国家规定标准。

1996年10月，南通复盛木业有限公司因锅炉以胶合板下脚料及木屑为主要燃料，烟尘排放严重超标，筹资4.5万元对烟尘进行治理，改建水膜除尘，经监测达到国家排放标准。

1999年7月，通州美亚热电有限公司建成并投入运行，铺设蒸汽管道，向城区供应蒸汽，为城区烟尘控制区建设奠定良好基础，至2001年，城区淘汰燃煤锅炉28台。2005年起，又拆除山水浴室、迎宾旅馆、帝奥集团、君逸大酒店、华侨饭店、北山饭店6个企业的锅炉，并对市天丰印染有限公司等23个企业锅炉烟气实施限期治理。至2008年末，城区烟尘控制区面积扩大到11.6平方公里，区内清洁能源使用率67%，锅炉烟尘浓度达标率100%，茶炉、大灶烟气黑度达标率100%。

2000年，在兴东镇土山南村新建600立方米秸秆气化站1座，并禁止在南通机场周围焚烧秸秆，保障航空运输安全。同年，在二甲镇砣墩村建成秸秆气化站1座。

2006年起，实施主要污染物二氧化硫减排考核。2007年8月17日，成立市节能减排工作领导组，下设办公室。随后，制定“十一五”减排计划，确定年度减排目标，编制年度减排方案，下达减排任务。减排项目为，关闭市新赛通纤维素有限公司和实施通州美亚热电有限公司烟气脱硫一期工程。至2009年6月，全市完成二氧化硫减排量1104吨。同时，实行二氧化硫排放总量审批制，2007年—2009年6月，先后对南通光合生物质能发电有限公司等5个企业建设项目，市仲达浆纱厂浆纱、纺织品加工等7个建设项目，江苏天嘉光电科技有限公司和南通宏洋毛绒制品有限公司羊毛增白流水线项目的污染物排放总量进行审批，区域内平衡二氧化硫355.8吨。