1993年起，组织开展新、扩、改建项目环境背景调查监测。1993—1995年，开展省农村环境综合整治监测工作，即“611”工程，其中，涉及49个重污染乡村企业所排废水监测，2个镇和11个村的大气、地表水、饮用水源水、区域环境噪声、交通干线噪声监测。1996—1997年，结合创建卫生城镇和生态镇、村建设，对新联、平潮、十总、观音山等16个镇，进行大气、噪声及主要河流水质监测。1998—1999年，完成长江流域污染源达标排放普查监测。2002年起，对通吕运河、通启河流域污染源进行专项整治调查监测，并对全市纺织、印染、电镀、钢丝绳等行业的排污情况进行专项监测。2004年起，扩大社会服务性监测领域，开展反映室内空气质量监测服务活动，监测甲醛、苯系物等。2006年—2009年6月，开展长江流域污染物入江总量监测。每半年1次在新江海河的金乐大桥点位进行污染物总量监测，监测项目为化学需氧量、氨氮和总磷。2007—2008年，对国控、省控、市控重点污染企业进行污染源普查监测。2008年起，对入海河流团结河和新中闸河开展水质监测。