1993年起，全市具备监测化验能力的24个企业开始对本单位排放污染物进行自控监测，市环境监测站进行监督性监测。2004年起，在35个重点污染源企业安装化学需氧量在线监测仪，24小时连续监测污水排放情况。

市环境监测站按企业排放的特征污染物进行重点监督性监测，对污染负荷大的企业进行总量监测，并定期对产生噪声企业进行噪声监督性监测。1993—1995年，确定为工业废气主要污染源的有金沙米厂、南通市第二水泥厂、市白水泥砖瓦厂等16个，确定为工业废水主要污染源的有南通丝绸印染联合厂、南通啤酒厂、通州印染厂等24个；1996—2000年，确定为工业废水主要污染源的有市氮肥厂、八一印染织造集团公司、川港毛纺织总厂等14个，确定为工业废气主要污染源的有美亚热电有限公司、五总水泥厂、通州棉纺织厂等20个；2001—2005年，确定为工业废气主要污染源的有美亚热电有限公司、庆丰新灶砖瓦厂、五总水泥厂等14个，确定为工业废水主要污染源的有大富豪啤酒有限公司通州工厂、南通化肥厂、南通盛达印染有限公司等16个；2006年—2009年6月，确定为工业废水重点污染源的有南通化肥厂有限公司、南通盛达印染有限公司、大富豪啤酒有限公司通州工厂、市益民水处理有限公司等10个，确定为工业废水主要污染源的有市亚太颜料有限公司、市江石化工厂、市华德漂染有限责任公司、市天丰印染有限公司等54个，确定为工业废气主要污染源的有美亚热电有限公司、市强盛漂整有限责任公司、市长虹印染公司、市恒发印花有限责任公司等25个。对废气主要污染源每年监测1次，监测烟尘、二氧化硫、工业粉尘；对废水重点污染源每月监测1次，主要污染源每季度监测1次，监测pH、氨氮、悬浮物、色度、化学需氧量、生化需氧量、挥发酚及重金属等。