1993年—2009年6月，对辖区内省控河流、城镇（南通市控）河流及城区有代表性地表水域进行监测，河流监测断面设置均为控制断面，在断面中泓设1个测点。

城区地表水监测3条河流。1993—1995年，设竖石河金西中心桥、金沙横河师范桥、运盐河朝阳桥3个断面，每年3、7、11月各监测1次；1996年—2009年6月，设竖石河银河大桥、金沙横河胜利桥和工农桥、运盐河金沙大桥4个断面，逢单月监测，每年6次。

城镇地表水监测3条河流。1993—1995年，设通甲河观音山人民桥、团结河三余大桥和八总洋桥、新江海河金乐大桥4个断面；1996年—2009年6月，设通吕运河通灵桥、团结河阚家庵桥和新取胜桥、新江海河金乐大桥4个断面。每年3、7、11月各监测1次，2007年7月起，改为逢单月监测，每年6次。

省控地表水1993—2000年监测4条河流，设通扬运河平潮大桥、通吕运河正场大桥、通启河通启大桥、九圩港石港大桥（1996年起改为陆家桥）4个断面。2001年—2009年6月监测3条河流，设通扬运河平潮大桥、通启河通启大桥和川港镇北桥、九圩港陆家桥4个断面，逢单月监测，每年6次。

1993—1995年，通扬运河以平潮大桥为断面监测平潮自来水厂的水源水，九圩港以石港大桥为断面监测石港自来水厂的水源水，通吕运河以正场大桥为断面监测正场自来水厂的水源水，竖石河以金西中心桥为断面（1994—1995年以通吕运河九华山吸水口为断面）监测市自来水厂的水源水，各点监测时间为每逢单月中旬。1996—2002年，选测城区2个自来水厂水源水，即通吕运河以正场大桥为断面监测正场自来水厂水源水，通吕运河以九华山吸水口为断面监测市自来水厂水源水，监测时间为每逢单月中旬（2001—2002年为每月上旬）。2002年6月起，城区饮用水源水监测点改为南通市洪港水厂吸水口，由南通市环境监测中心站监测，数据共享，城区备用水源水（通吕运河九华山吸水口）在对外供水前监测。

1993—1995年，选测金西乡吴桥村五组和金沙镇五美巷4号潜水层浅井及伟业浅井，环本农场场部、二甲自来水厂、南通化肥厂承压层深水井各1眼，每年7月监测1次。1996年—2009年6月，选测二甲自来水厂、南通化肥厂承压层深井各1眼，其中，1996—2000年，每年7月监测1次，2001年—2009年6月，每年5、8月各监测1次。

1993年—2009年6月，在市内各省控河流水质监测断面布点监测河流底质，2001年起增加城区内河金沙横河底质监测，每年上半年进行1次河流底质的监测分析。1993—1995年，测点设在通扬运河平潮大桥、通吕运河正场大桥、通启河通启大桥、九圩港石港大桥，监测项目为pH值、总砷、总汞、总铬、总镉、总铜、总铅等7项。1996—2000年，测点设在通扬运河平潮大桥、通吕运河正场大桥、通启河通启大桥、九圩港陆家桥，监测项目为pH值、总砷、总汞、总铬、总镉、总铜、总铅、硫化物、化学需氧量等9项。2001年—2009年6月，测点设在通扬运河平潮大桥、金沙横河胜利桥和工农桥、通启河通启大桥和川港镇北大桥、九圩港陆家桥，监测项目仍为上述9项。全市6个河流底质监测点各项指标均符合《农用污泥污染物控制标准》（GB4284-84）。