通州市环境监测站建立于1983年，1994年11月通过省级计量认证，获省计量认证证书；2003年12月通过中国实验室国家认可委员会认可。至2009年6月，有监测用房1500平方米，辅助用房60平方米，监测仪器设备102台（套），在站监测技术人员19人，其中，高级技术职称3人、中级技术职称7人。市环境监测站负责境内环境水质、环境空气、工业废水、废气、降水、土壤（底质、固废）、生物、噪声（振动）等环境要素监测，分析项目118个，职责涉及环境质量监测、污染源监督监测、污染纠纷仲裁监测、科研性监测和社会服务性监测等，出具的监测结果具有法律效力。

1993年起，陆续在市内重点污染源单位建立环境监测站，安装远程自动监测仪器等，企业污染源管理逐步走上定量化管理轨道。至2009年6月，南通德富印染有限公司（通州华润印染有限公司）、南通盛达印染有限公司、通州美亚热电有限公司、南通海星电子有限公司、丽王化工（南通）有限公司、南通华德漂染有限公司、市益民水处理有限公司、南通棉丽纺织有限公司等24个企业建立水质化验室，开展分析监测。2004年1月—2009年6月，在江苏大富豪啤酒有限公司通州工厂、南通盛达印染有限公司、市益民污水处理厂等35个工业企业废水排放口，安装化学需氧量在线监测仪、污水流量计和数据采集仪，与市环保局污染源自动监控中心联网，实现远程监控企业废水排放情况。2007年11月起，在通吕运河通州段建立水质自动监测站，监测pH值、水温、浊度、电导率、溶解氧、高锰酸盐指数、氨氮等7个项目，自动连续、及时准确地监测目标水域的水质及其变化状况，数据远程自动传输，自动生成报表。