1992年，全县工业废水排放总量1757万吨。2000年，全市废水排放总量3033万吨，其中工业废水1606万吨，比1992年下降8.6%，工业废水处理达标率93.1%。2005年，全市废水排放总量4145.25万吨，其中，工业废水1798.25万吨、生活污水2347万吨，工业废水处理达标率升至98.5%。2008年，全市工业废水排放量1245.73万吨、生活污水排放量2341.66万吨，工业和生活COD（化学需氧量）排放量分别为1010吨和7507.69吨。历年污水排放入河道，主要河流水质均受到不同程度污染，以有机污染为主，水中主要污染指标为化学需氧量、氨氮、硫化物、生化需氧量等。

通启河  1993—1995年，总体水质超过《地面水环境质量标准》（GB3838-88）Ⅲ类标准，符合Ⅴ类标准，主要超标指标为石油类、高锰酸盐指数和非离子氨。1996—2000年，水中溶解氧、高锰酸盐指数、生化需氧量、非离子氨的浓度变化范围分别为2.9～6.6毫克/升、4.6～18.2毫克/升、3.8～16.2毫克/升和0.02～0.07毫克/升，水质逐年变差。至2000年，总体水质超过地表水Ⅴ类标准。2001—2005年，总体水质呈缓慢改善趋势，综合污染指数2005年比2001年下降31.9%，水质污染以2001年最为严重。2006年—2009年6月，总体水质劣于《地表水环境质量标准》（GB3838-2002）Ⅴ类标准，属重度污染，测次超标率83.3%，主要污染指标为石油类、氨氮、生化需氧量、高锰酸盐指数、溶解氧、阴离子表面活性剂，水体属有机污染。

九圩港  1993—1995年，总体水质超过《地面水环境质量标准》（GB3838-88）Ⅲ类标准，符合Ⅳ类标准，主要超标指标为石油类和非离子氨。1996—2000年，水中溶解氧、高锰酸盐指数、生化需氧量浓度变化不大。石油类超Ⅲ类标准，石油类浓度从1995年的0.31毫克/升上升到2000年的0.54毫克/升。1996—1999年，总体水质符合Ⅳ类标准，2000年，符合Ⅴ类标准。2001—2005年，总体水质呈缓慢改善趋势，由2001年的Ⅴ类转变为2005年的Ⅲ类，综合污染指数2005年比2001年下降41.3%，2001年水质污染最为严重。2006年—2009年6月，总体水质符合《地表水环境质量标准》（GB3838-2002）Ⅲ类标准，测次达标率100%，主要污染指标为生化需氧量、溶解氧、氨氮，水体以有机污染为主。

通吕运河  1993年，总体水质超过《地面水环境质量标准》（GB3838-88）Ⅳ类标准，符合Ⅴ类标准，1994年、1995年超Ⅲ类标准，符合Ⅳ类标准，主要超标指标为石油类、非离子氨。1996—2000年，水体中溶解氧、高锰酸盐指数、生化需氧量的浓度变化范围不大，非离子氨浓度5年均值为0.02毫克/升，石油类浓度最高值为0.51毫克/升，最低值为0.24毫克/升。2001—2005年，总体水质无明显改善，分别为Ⅴ类、Ⅳ类、Ⅴ类、Ⅲ类、Ⅳ类，呈W字形变化，水中主要污染指标为石油类、氨氮、生化需氧量。2006年起，监测断面调整，该河不列入省控河流监控，作为县控河流。2006年—2009年6月，总体水质符合《地表水环境质量标准》（GB3838-2002）Ⅲ类标准，测次达标率100%，主要污染指标为生化需氧量、溶解氧、氨氮、石油类，水体以有机污染为主。

通扬运河  1993年，总体水质超过《地面水环境质量标准》（GB3838-88）Ⅳ类标准，符合Ⅴ类标准，1994年、1995年超Ⅲ类标准，符合Ⅳ类标准，主要超标指标为石油类和非离子氨。1996—2000年，总体水质超Ⅲ类符合Ⅳ类标准，水体中溶解氧、高锰酸盐指数、生化需氧量的浓度变化范围，分别为7.4～8.8毫克/升、2.5～3.7毫克/升和2.1～3毫克/升，石油类浓度最高值为1996年的0.37毫克/升，最低值为1997年的0.19毫克/升。2001—2005年，总体水质污染程度减轻，由2001年的Ⅳ类好转到2005年的Ⅲ类；水中主要污染指标石油类2001年最高为0.17毫克/升，超标2.4倍，氨氮2003年最高为1.42毫克/升，超标42%；年度污染程度由重到轻依次为：2001年＞2003年＞2005年＞2004年＞2002年。2006年—2009年6月，总体水质符合《地表水环境质量标准》（GB3838-2002）Ⅲ类标准，测次达标率100%，主要污染指标为生化需氧量、溶解氧、高锰酸盐指数、石油类，水体以有机污染为主。

城区内河  1993年，竖石河总体水质超Ⅲ类符合Ⅳ类标准，金沙横河、运盐河总体水质均超Ⅳ类符合Ⅴ类标准。1994年，金沙横河、运盐河总体水质均超Ⅴ类标准。1995年，城区内河总体水质明显改善，均符合Ⅳ类标准。1996—2000年，主要污染指标高锰酸盐指数年均浓度1997年最低为4.1毫克/升，1996年最高为5.2毫克/升，均不超过国家地表水环境质量Ⅲ类标准；非离子氨最高为1996年的0.03毫克/升，超标50%；生化需氧量的浓度变化范围为3.5～4.2毫克/升。2000年，竖石河污染较重，金沙横河次之，运盐河污染较轻，城区地表水除亚硝酸盐氮超标外，其余项目均符合国家地表水环境质量Ⅲ类标准，水体中主要污染指标为非离子氨、亚硝酸盐氮、生化需氧量。2001—2005年，竖石河、运盐河、金沙横河总体水质较为稳定，由2001年的Ⅳ类缓慢改善至2005年的Ⅲ类标准。2006年—2009年6月，城区3条内河总体水质较为稳定，均符合《地表水环境质量标准》Ⅲ类标准，竖石河、运盐河、金沙横河测次达标率分别为100%、83.3%和66.7%，主要污染指标为溶解氧、生化需氧量、氨氮、高锰酸盐指数，水体以有机类污染为主，属轻中度污染，重金属污染甚微。

新江海河、团结河  1993—1995年，两条河水体中生化需氧量、非离子氨、高锰酸盐指数平均浓度分别为4.5毫克/升、0.07毫克/升和6.4毫克/升，水质均略超《地面水环境质量标准》（GB3838-88）Ⅲ类标准。1996—2000年，新江海河总体水质超Ⅲ类符合Ⅳ类标准，其中溶解氧年均浓度范围为6.5～7.9毫克/升，非离子氨浓度均为0.02毫克/升，石油类年均浓度最低为2000年的0.05毫克/升，最高为1999年的0.26毫克/升；团结河总体水质超Ⅲ类符合Ⅳ类标准，其中溶解氧和高锰酸盐的年均浓度范围分别为6～7.3毫克/升和4～5毫克/升，生化需氧量年均浓度最低为1996年的2.4毫克/升，最高为2000年的4毫克/升，非离子氨年均浓度最低为1997年的0.02毫克/升，最高为1998年的0.06毫克/升。2001—2005年，新江海河水质呈缓慢改善趋势，除挥发酚缓慢上升污染加重外，其余污染指标均不同程度下降，污染减轻，至2005年，各污染指标年均值达到地表水Ⅲ类水质标准（水质状况良好），石油类、氨氮测次超标率为33.3%，总体水质较好；团结河水质明显好转，水质由2001年的Ⅴ类提高到2005年的Ⅲ类，除溶解氧、挥发酚呈上升趋势外，其余指标均呈缓慢下降趋势，污染有所控制。2006年—2009年6月，新江海河、团结河总体水质达到《地表水环境质量标准》Ⅲ类标准，测次达标率均为100%，主要污染指标为生化需氧量、氨氮、石油类、高锰酸盐指数，水体以有机污染为主。

1993年—2009年6月，全市地下水监测20个项目，监测频次为2次/年，监测点设在二甲自来水厂深水井和石港南通化肥厂深水井。1995—2000年，两监测点地下水中总氰、总砷、总汞均未检出，总硬度、硝酸盐氮、挥发酚、六价铬、总铁均不超标。2000年，水中氨氮、氯化物超过地下水质量Ⅳ类标准，年均值分别为0.51毫克/升和351毫克/升，超标率为50%。2001年—2009年6月，南通化肥厂地下水污染严重，质量级别极差，均为《地下水质量标准》（GB/T14848-93）劣Ⅴ类水质，按地下水Ⅲ类标准评价，氨氮、氯化物、总硬度、亚硝酸盐氮4项年均值超标。2005年，二甲深井水总体水质符合地下水Ⅳ类标准，除氨氮年均值超标70%外，其余项目均达到地下水质量Ⅲ类标准，水质级别属较差；2006年，水质均为《地下水质量标准》（GB/T14848-93）劣Ⅴ类；2007年—2009年6月，水质符合《地下水质量标准》（GB/T14848-93）Ⅳ类，主要污染物为氨氮、氯化物、亚硝酸盐氮。