1993年，境内城镇居民生活燃料以燃煤为主，大气污染物以二氧化硫、烟尘（粉尘）和氮氧化物为主。全市燃烧废气排放量37.45亿标准立方米，工艺废气中污染物排放量1.41万吨，其中，二氧化硫3940吨、粉尘1.02万吨。2000年，全市燃烧废气排放量44.93亿标准立方米，其中，烟尘排放量5616吨、二氧化硫排放量5176吨；工艺废气中污染物排放量1.38万吨，其中，二氧化硫2900吨、粉尘1.09万吨。2005年，全市燃烧废气排放量47.24亿标准立方米，其中，烟尘排放量6561吨、二氧化硫排放量6719吨；工艺废气中污染物排放量1.01万吨，其中，二氧化硫3021吨、粉尘7079吨。随着使用液化气和其他清洁能源的城乡居民日益增多，燃烧废气排放量逐步减少，至2008年，全市燃烧废气排放量降为29.62亿标准立方米，其中，烟尘排放量3018吨、二氧化硫排放量4486吨；各类机动车辆排放二氧化硫28.6吨、一氧化碳1.64万吨、氮氧化物2246.5吨、碳氢化合物3035.2吨。

1993—1996年，城区大气中二氧化硫年日平均值0.022毫克/标准立方米，氮氧化物年日均值0.023毫克/标准立方米，总悬浮颗粒物年日均值0.263毫克/标准立方米，均符合国家大气环境质量二级标准；自然降尘平均值9.2吨/平方公里·月，超过南通市地方标准（8吨/平方公里·月）。1997—2000年，城区空气中二氧化硫和氮氧化物年日均值不超标，分别为0.017毫克/标准立方米、0.034毫克/标准立方米；总悬浮颗粒物年日均值0.134毫克/标准立方米；自然降尘平均值9.2吨/平方公里·月，超标15%。2001—2005年，城区空气中二氧化硫年日均值0.014毫克/标准立方米，二氧化氮（二氧化氮代替氮氧化物，将氮氧化物以90%的转换率转换为二氧化氮）年日均值0.02毫克/标准立方米，两项均符合国家环境空气质量二级标准；可吸入颗粒物（2002年7月以前，监测项目为总悬浮颗粒物，数据统一以2∶1的转换率转换为可吸入颗粒物）年日平均值0.095毫克/标准立方米，其中，2002年均值超标5%，其余各年均值符合国家环境空气质量二级标准；自然降尘平均值7.2吨/平方公里·月，符合南通市地方标准。2006年—2009年6月，城区空气中二氧化硫、二氧化氮、可吸入颗粒物年日均值分别为0.03毫克/标准立方米、0.02毫克/标准立方米和0.09毫克/标准立方米，均符合国家环境空气质量二级标准；自然降尘平均值5.9吨/平方公里·月，符合南通市地方标准。

1993—1995年，全市酸雨出现频率8.1%，其中，1994年降雨pH值（酸碱度）均在5.6以上，全年未出现酸雨。1996—2000年，酸雨出现频率8%，最低pH值为4.16。2001—2005年，酸雨污染呈缓慢加重趋势，酸雨频率在15.5%～68.2%之间，最低pH平均值为4.69。2006年—2009年6月，酸雨共出现129次，酸雨发生频率61.4%，酸雨类型为硫酸型。