1993年起，通州市控制环境污染的措施逐步由以行政干预为主向依法管理过渡。相继出台并贯彻实施环境影响评价、建设项目“三同时”、征收排污费、环境保护目标责任制、城市环境综合整治定量考核、排污许可证核发、污染源限期治理及污染集中控制等8项制度，全市环境保护工作逐步走向正轨。进入21世纪以后，实施可持续发展战略，坚持环境保护与经济发展综合决策，以环保基础设施建设为重点，环保科技为支撑，环保宣传教育为舆论导向，全面调整经济发展战略，优化城市功能和工业布局，局部地区环境污染恶化的趋势得到遏制，环境质量进一步改善。长江流域（通州段）水污染防治工作取得阶段性成果，金沙、刘桥、兴东镇农村环境以及城区内河环境综合治理完成。在城区推广使用清洁能源，实行集中供热，10多个镇建起生活垃圾卫生填埋场，实行生活垃圾无害化处理。2003年起，先后建成市益民污水处理厂和南通欣源水处理有限公司，筹建苏通大桥科技产业园污水处理厂和滨海新区污水处理厂，初步实现环境保护与经济建设“双赢”目标。2004—2006年，通州先后建成全国生态示范区和国家环保模范城市。