1998年10月，通州市城区内河监察管理所成立，为经费自筹的全民事业单位，核定编制4名，隶属于市环保局，配保洁员16人、清运垃圾车1辆、保洁船6艘。主要负责城区7条全长10.3公里的内河水域全天候保洁与环境卫生长效管理。2000年6月，划归市城市管理局。2003年，改为差额补助型事业单位。同年，十五总港（金沙横河至体育馆）、唐灶港河（金沙横河至三环路）、八角亭河纳入城区内河长效管理范围，内河水域保洁范围扩大到13公里。2007年1月，城区内河管理所撤并至市城区水环境建设管理处。至2009年6月，城区内河保洁范围（老城区和开发区部分河道）长22.76公里，总面积47.63万平方米，有保洁船14艘、保洁人员27人。

2001年起，城区内河管理所采用卫生责任承包制管理模式，河道卫生状况与时提升，历经国家、省有关卫生城市和环保模范城市检查。2002年，试行河道保洁权市场化，将长3.16公里，河面、河坡面积12.64万平方米的运盐河保洁权以4.8万元出让。2005年，将总面积28.33万平方米的金沙横河等5条内河保洁权拍卖出让。2006年，进一步推进内河水面保洁市场化进程，将城区总长13.7公里的内河河道保洁推向市场。实行河道保洁承包后，内河保洁质量大幅度提高。2008年，城区水环境建设管理处对城区14条内河的保洁重新发包，全部实行市场化承包管理。