通州市城乡建设档案馆前身为南通县城乡建设档案室，1984年8月建，1987年6月档案室改称档案馆。1999年3月，市城建档案馆增挂“通州市城乡建设档案管理处”牌子，增加对建设系统和城建档案产生单位的档案监督、指导职能。2002年12月，迁至建设大厦五楼，档案用房增加到800平方米（办公用房180平方米、阅档室42平方米、微机房50平方米、技术用房28平方米、档案库房500平方米），有档案密集架6联17列共126立方米、档案橱柜105组，设有温湿度显示器、抽湿机、空调机、复印机、照相机、电视机、摄像机、光盘刻录机、电脑等。2004年12月，被认定为省特级城建档案馆。2006年4月，迁到人民路138号天成大厦内，馆（库）房面积400平方米。2007年8月，购买档案橱柜60组，吸湿机2台。

对城建档案的接收，1986年—1998年10月，实施建设工程竣工档案保证金制度（1998年11月取消）；1996年7月—2001年8月，实行责令限期改正与处罚制度；2001年9月起，实行建设工程竣工档案预验收制度。接收的城建档案一般都经过分类整理、组卷后入库。1989年前，根据档案一般标准整理组卷；1989年—1993年5月，按国家科委科学技术档案一般要求执行；1993年6月起，按《江苏省城建档案案卷质量标准》执行；1995年12月起，按建设部《城市建设档案案卷质量标准》执行。对工程建设档案，2002年5月起按国家《建设工程文件归档整理规范》执行。

建馆初期城乡建设历史档案数量较少。1987年，执行《江苏省城市建设档案管理暂行规定》，城建档案有规划、勘测、市政、公用事业等11类。1988—1997年，执行建设部、国家档案局颁发的《城市建设档案管理暂行规定》，范围增加至14类。1998—2005年，执行建设部《城市建设档案管理规定》，范围为各类城市建设工程档案，建设系统专业管理部门形成的业务管理与技术档案，有关城市规划、建设及管理、科学研究成果与城市历史、自然、经济等方面的基础资料等。至2009年6月，市城建档案馆馆藏门类发展为17个大类、95个属类、184个小类，有档案保管单位4.46万个，馆藏档案5.65万卷，照片4069张，录音、录像带155盒，光、磁盘11张，底图975份，图书资料8235册。

1993年—2009年6月，市城建档案馆共接待查阅档案9348人次，提供利用档案1.28万卷，复制档案材料4532份，为政府决策、城市规划、城镇住房制度改革、企业产权制度改革、城镇房屋拆迁改造、建设工程新扩改建、编史修志、民事纠纷调解等提供利用服务。