1996年，通州市开展以反腐败和反不正当竞争为主要内容的工程建设专项治理，并成立市工程建设专项治理工作领导组及其办公室。5月，市委办、市政府办印发《1996年全市工程建设专项治理工作的意见》；7月，市政府发出《关于对违反报建和招投标管理的工程建设项目进行处理的意见》，规定“凡在1996年1月1日至7月31日间开工的未办理报建手续的工程建设项目，在8月15日前补办报建手续；未实施招投标的工程建设项目，在8月15日前补办招投标手续；1996年8月1日起，所有工程建设项目必须进行报建和招投标，未经报建和招投标而擅自开工的，由有关部门依法给予处罚。”至1996年末，市建委摸清1994年7月—1996年6月全市工程建设项目的基本情况，纠正违规违章问题，并全面开展工程建设的竣工审计。此次专项整治工作于2001年结束，全市共核发基建计划立项报告1600份；工程报建项目677个，投资总额16.5亿元；招投标项目617个，建筑面积235.55万平方米，标底总价15.85亿元，中标总价15.65亿元；报建率、招投标率、公开招投标率均达到100%。立案查处违法违纪案件13件，追究刑事责任12人，党纪处分12人，行政处分1人，挽回经济损失48万元。

1993年，通州有工程勘察设计单位2家，即市建筑设计院和市第二建筑设计院。1998年8月，市工程建设专项治理工作领导小组印发《通州市工程建设项目程序管理公示制度的通知》，将工程建设项目初步设计审查列为工程建设项目管理程序之一，其承办部门为市建委总工程师室。建设单位申请工程建设项目初步设计审查，须提供建设单位资格审查核准通知书、工程建设项目报建审批表、红线图与规划设计要点、设计文件、工程勘察设计合同、申请报告。2002年4月，市建设局印发《关于进一步做好我市工程勘察设计工作的通知》，对工程勘察初步设计、施工图设计的成果报审提出明确要求，实施对工程建设初步设计会审。2002年—2009年6月，市建设局组织计划、规划、房产、市政、绿化、供电、电信、邮政、抗震、环保、消防、人防、广电等方面的专业技术人员，对达到相应规模的公共建筑、房地产开发等128个项目的初步设计进行会审，其中市行政中心、江海皇都等大型项目邀请南通市相关专家参与会审；对城区交通北路北延、翠园中路建设工程的初步设计，组织市政、供水、排水、路灯、绿化、供气、供热、供电、电信、有线电视、交通管理等方面专业技术人员进行会审，促进初步设计方案优化。

1999年7月，市抗震办公室成立，8月，建立市抗震设防专项审查小组，实施建设工程抗震设防专项审查工作。9月，市政府办公室出台《通州市建设工程抗震设防暂行规定》，明确建设工程施工图设计实行抗震验审盖章制度，并颁发“建设工程抗震设防审查证书”，将建设工程抗震设防纳入工程建设管理程序。至2002年，全市共对建设工程抗震设防专项审查268项，合计建筑面积107.43万平方米。

2002年6月，市建设局印发《通州市建筑工程施工图设计审查实施暂行办法》，建设工程施工图设计审查由抗震设防专项审查扩展到施工图设计政策性审查、技术性审查。2003年，成立市施工图审查中心（市抗震办公室撤销），承担施工图设计审查和抗震审查职责。施工图设计审查包括政策性审查和技术性审查，其范围为，国家民用建筑工程设计等级分类标准规定的特殊公共建筑及建筑面积在1000平方米以上的一般公共建筑项目、地下工程、住宅小区、工厂生产区以及四层以上住宅工程项目、乙级以上设计单位方可承担的构筑物及工业建筑项目。抗震与施工图审查合格后，由市建设局颁发“建设工程抗震设防证书”，市施工图审查中心核发“建设工程与市政基础设施施工图审查合格证书”。至2009年6月，施工图设计审查643项，建筑面积775.76万平方米；抗震专项审查741项，建筑面积885.86万平方米。

1993年，市内建设单位取得建设工程规划许可证，在市建筑工程质量监督站履行相关手续后即可开工建设。2000年10月1日起，全面推行建筑工程施工许可制度。市内各类新建、改建、扩建、迁建且投资额在50万元以上或者建筑面积在300平方米以上的建筑工程，由建设单位向市建设局申请建筑工程施工许可。建设单位申请时须提交立项批文、建设用地批准文件、建设工程规划许可证或江苏省村镇工程建设许可证、工程建设项目招标投标合同备案表、建筑施工合同和监理合同、已通过审查的施工图设计文件、工程质量监督手续、工程建设安全生产监督手续、施工组织设计与施工方案审批表、开工前审计意见书，如属外地进通州施工企业，还需办理进市登记备案，并已签订计划生育责任状。2006年10月1日起，由建设单位从省建设厅施工许可管理信息系统网站申请，网上审核，网上打印发放。至2009年6月，市建设局共核发建筑工程施工许可证872份，建筑施工面积918.48万平方米。

市建筑工程质量监督站建立于1988年，负责对境内建筑工程实施质量监督。1999年更名为市建设工程质量监督站（简称质监站）。

1993—2000年，实行建设工程质量等级核验制。建设单位在开工前1个月，到市质监站办理手续，提交勘察设计等有关文件。市质监站确定该工程监督员，通知建设、勘察、设计、施工单位，并提出监督计划。建设工程开工前，工程监督员对受监工程的勘察、设计、施工单位的资质等级和经营范围进行核查，对施工图设计进行质量监督；工程施工中，按照监督计划对工程质量进行抽查。工程完工后，市质监站在施工单位验收的基础上对工程质量等级进行核验。1993—2000年，全市监督建设工程项目1590个，建筑面积484.2万平方米；竣工建设工程项目1318个，建筑面积320.2万平方米。

2001年起，实行建设工程竣工验收备案制。在建设工程质量监督中，改把关式质量监督模式为加强对各方责任主体质量行为的监督，程序与此前无异，增加监督内容。检查参建工程的各方主体即勘察、设计、施工、监理等单位是否具有相应的资质条件，各方主体参与现场建设管理人员是否符合相应资格条件、是否具有履行主体质量行为的能力；检查各方责任主体的质量保证体系和质量责任制的建立与落实情况；监督各方责任主体是否按法律法规规定与强制性标准对工程过程进行控制，并结合工程实体质量对各方责任主体的质量行为作出评价。市质监站在工程竣工验收之日起5日内，向建设工程竣工验收备案机关提交工程质量监督报告。至2009年6月，共监督建设工程项目878个，建筑面积756.4万平方米；竣工项目716个，建筑面积584.79万平方米；监督市政公用设施工程项目10个，出具建设工程质量监督报告464份。

1993年，由市建筑工程质量检测中心实施工程质量检测，包括对工程建设使用的钢材、水泥、黄砂、石子和预制构件进行检测，检测结果供工程建设竣工验收使用。2000年，市建设工程质量监督站增挂市建设工程质量检测站牌子，开展工程质量检测业务。2002年，市建筑工程质量检测中心与市建设工程质量检测站合并，并更名为市建设工程质量检测中心，2003年改制为通州市亿诚建设工程质量检测有限公司，具有房屋建筑工程检测二级资质。2005年，南通天河建设工程质量检测有限公司成立，具有房屋建筑工程和市政工程检测二级资质。

2003年，市建设局组织房屋建筑工程、市政工程和预制构件生产单位的质量检测取样员、见证员进行业务培训，全面推广工程建设质量检测见证取样制度。2004年，市内启动工程实体质量检测工作，把实体检测报告作为工程质量监督、工程竣工验收的必备材料。2005年起，按照省建设厅《关于改变我省建设工程质量见证取样检测委托方有关事项的通知》要求，市内新开工项目的建设工程质量见证取样检测，由建设单位直接委托工程质量检测机构进行。

1999年7月，市政府印发《通州市工程建设监理暂行办法》，规定市内大中型工程、重点建设工程、重要的市政公用工程、国有集体资产投资工程项目、高层建筑、三幢以上成片住宅和单体建筑面积2000平方米以上住宅工程、200万元以上装饰装修工程、外资中外合资国外贷款赠款捐款建设的工程项目的建设必须实施监理。2000年10月，市建委印发《关于全面推行工程建设监理工作的通知》，规定从11月1日起，市内投资额在50万元以上的工程建设都必须实行监理。

1999年，市内成立2个工程建设监理企业：通州市建恒建设监理有限公司，丙级资质，2006年未通过年检，2007年初歇业；通州市城乡建设监理有限公司，丙级资质，后改制更名为南通金大地建设监理有限责任公司，2002年升为乙级资质。2002年9月，通州市天元建设监理咨询有限公司和江苏永诚工程监理咨询有限公司成立，均为丙级资质。2004年，江苏永诚工程监理咨询有限公司升为乙级资质，工程监理许可范围从房屋建筑工程拓展到市政公用工程。2007年1月，通州市中元建设监理咨询有限公司成立，具有房屋建筑、市政公用工程监理丙级资级。2008年1月，南通铁军建设监理咨询有限公司成立，具有房屋建筑监理丙级资质。2009年6月底，市内有注册监理企业5个，共有从业人员194人，其中，国家级监理工程师29人，省级监理工程师27人，监理员138人。

建设单位在工程建设施工招标投标前，以招标形式择优选择监理单位，然后签订工程建设监理合同。监理单位根据所承担监理任务，组建由总监理工程师、监理工程师和其他监理人员组成的监理机构。监理机构依据法律法规和有关技术标准、设计文件和工程施工、监理合同，对承包施工单位在施工质量、建设工期和建设资金使用等方面代表建设单位实施监理服务。1999年—2009年6月，全市实施监理的工程项目886个，建筑面积1588.65万平方米。

1993年10月，建设银行通州市支行造价咨询部成立，开展工程造价咨询；1996年，通州市永诚造价事务所有限公司、通州市益园造价咨询有限公司相继建立，开展业务咨询。1994年，南通市定额管理站在通州市建委设分站，实施建设工程造价管理。1998年5月，通州市建设工程造价管理处成立，独立开展建设工程造价管理工作。

1995年5月前，市内对建设工程项目，按总造价的1.6‰收取建设工程定额测定费，1995年6月起，按1‰收取。1997年起，实施建设工程材料指导价的动态管理，根据市场行情每两个月发布一期建设工程材料指导价，用于指导编制建设工程预决算。

2004年起，对市内承担各类房屋建筑及其配套工程的施工企业实施《江苏省建筑工程发承包计价手册》管理，以加强对工程发承包价格、工程造价计价行为、工程造价信息、工程造价专业技术人员监督管理。至2008年末，全市实行《江苏省建筑工程发承包计价手册》管理的建筑施工企业66个。

1993年，市内建设工程的竣工验收首先由施工单位会同筹建单位和设计单位对竣工工程质量进行验评，并将验评结果及有关技术资料送交质监站进行核验。未经质监站核验或核验为不合格的工程，不准交付使用。

2000年10月1日起，对新建、扩建、改建各类房屋建筑工程和市政基础设施工程，实行建设工程竣工验收备案制度。建设单位向市建设局申请办理工程竣工验收备案，应提交工程竣工验收备案表，工程竣工验收报告，由规划、公安消防、环保等部门出具的认可文件，施工单位签署的工程质量保修书。商品住宅还应当提交《住宅质量保证书》和《住宅使用说明书》。市建设局对建设单位报送的工程竣工验收备案文件验证齐全后，核发“建设工程竣工验收备案证明书”。至2009年6月，共办理建设工程竣工验收备案499个。