1992年8月，南通县成立城镇房屋拆迁管理所，属全民事业单位，负责城镇房屋拆迁管理。1997年，更名市城镇房屋拆迁管理办公室。2009年2月，更名为市房屋动迁管理办公室，为正科级事业单位，经费列市财政全额预算，挂靠市建设局。

1994年，市更新房屋拆迁有限公司成立，2002年更名为市永新房屋拆迁有限公司，三级资质。1997年，市兴置房屋拆迁有限公司成立，二级资质。2001年，南通市公正房屋拆迁事务所有限公司成立，二级资质。2007年，通州新亿房屋拆迁有限公司、南通通大房屋拆迁有限公司成立，均为三级资质。2008年，南通千家顺房屋拆迁有限公司成立，三级资质。

1993年起，根据《南通县城镇房屋拆迁管理办法》，因国家建设需拆迁房屋的单位和个人，须持建设项目批文、建设用地规划许可证、建设用地批准文件、拆迁方案向市建设部门提出书面申请，经批准领取“房屋拆迁许可证”方可拆迁。至2000年10月，全市批准拆迁项目157个，拆迁房屋建筑面积64.7万平方米，其中，城区48.7万平方米，其他建制镇16万平方米。2000年11月起，执行国务院颁发的《城市房屋拆迁管理条例》，规范在城市国有土地上实施房屋拆迁行为。1993年—2009年6月，全市共核发房屋拆迁许可证319份，拆迁房屋建筑面积211.28万平方米，其中，城区144.42万平方米，建制镇66.86万平方米。

1993—1997年，对拆迁户补偿安置执行《南通县城镇房屋拆迁管理办法》，实行产权调换、作价补偿和产权调换与作价补偿相结合。1998—2001年，按《南通市城市房屋拆迁管理办法》《通州市房屋拆迁货币安置补偿暂行办法》，实行产权调换、作价补偿或产权调换与作价补偿相结合并有条件地实施货币安置补偿。2002年—2009年6月，按《城市房屋拆迁管理条例》《南通市城市房屋拆迁管理办法》，实行货币补偿、产权调换，并由被拆迁人选择补偿方式。