通州市房地产交易所成立于1988年11月，2003年更名为房地产交易管理所，管理房地产交易。1994年7月《中华人民共和国城市房地产管理法》出台后，全市房地产交易逐渐兴起，房屋买卖、抵押、租赁、商品房预售、中介服务等各项业务管理逐步走上法制化轨道。

1995年起，根据建设部《城市商品房预售管理办法》规定，全市实行商品房销售预售许可制度。房地产开发企业在取得商品房预售许可证后，方可进行商品房预售。房地产开发企业与承购人签订商品房预售合同之日起，在30日内持商品房预售合同向市建设部门备案。预售的商品房自交付之日起90日内，承购人持有关凭证到市房屋产权监理所办理权属登记手续。至2009年6月，全市共核发商品房预售许可证274份，预售商品房建筑面积482.22万平方米。

1993—1996年，市内二手房交易不足100户。1997年起，房地产二、三级市场逐渐活跃，是年，成交量150宗，建筑面积1.4万平方米，成交金额460万元。2004年成交量1202宗，建筑面积20.2万平方米，成交金额1.1亿元。2005年5月11日，建设部等7个部门联合下发《关于稳定住房价格工作的意见》，对房地产业实施调控，从当年7月起开征房屋交易营业税，售房户纷纷赶在政策实施前进行交易，是年成交量1563宗，房屋建筑面积26.3万平方米，成交金额1.8亿元。1993年—2009年6月，市房地产交易所监证二手房买卖8949宗，建筑面积166.82万平方米，成交金额10.46亿元。

1995年，市房地产交易所开始办理房地产抵押登记手续，抵押人的目的是为取得商业银行购房贷款。1997年，建设部颁布《城市房地产抵押管理办法》，抵押范围从依法取得房屋所有权证的房地产抵押扩展到预售商品房抵押以及在建工程抵押。是年，办理房屋抵押380宗，建筑面积15.6万平方米，抵押金额0.9亿元。1998年，随着住房制度改革的深化，房地产抵押增至1225宗，抵押房屋建筑面积67万平米，抵押金额1.9亿元。至2009年6月，全市共办理房地产抵押2.41万宗，抵押房产建筑面积2194.65万平方米，抵押金额150.32亿元。

1999年3月，市内首家房地产经纪机构——市中园房地产置换有限公司成立，为委托人提供房源信息和居间代理业务。随后，市诚信房屋置换有限公司、市万达房屋置换有限公司等相继成立，至2005年，全市房地产经纪机构增至13个，持有“房地产经纪人资格证”的人员39人。至2009年6月，由经纪服务机构提供中介而成交的房屋5650套，建筑面积93.37万平方米。

在房产中介兴起的同时，房地产评估也相应产生。1999年4月，南通正达房地产评估公司成立。2005年，南通丰尔达房地产评估公司、南通海正房地产估价公司成立。至2008年末，全市有房地产评估公司5个、房地产估价师29人。