1993年初，全市设西亭、二甲、三余、十总、骑岸、石港、四安、刘桥、平潮、兴仁、观音山、兴东、张芝山、川港、小海、姜灶16个建制镇，镇区建成区面积共2175公顷，住宅建筑215.27万平方米（楼房99.76万平方米），公共建筑151.77万平方米，生产性建筑282万平方米，高级、次高级道路总长72公里，桥梁122座，自来水日供水6.4万立方米，路灯1749盏，园林绿化面积77公顷，公厕170座。

1993—1996年，市委、市政府相继出台《关于加强村镇建设工作的意见》《关于创建卫生镇工作的意见》《关于建设农民街问题的意见》，各镇按照创建卫生城镇要求，多方面筹集建设资金，进行旧镇改造，实施道路、环保等基础设施建设。同期，北兴桥、先锋、正场、新联、平东撤乡设镇。至1996年末，21个建制镇镇区共拆除各种破旧、拥挤、低矮等不适应生产生活需要的房屋建筑面积37.4万平方米，新建或改建办公楼、学校、医院、敬老院、影剧院、集贸市场、邮政电信、金融、居民住宅等建筑面积77万平方米。修建道路27公里，路面以混凝土和沥青为主，路旁栽种行道树，快慢车道间建绿化带。修建桥梁8座，新建自来水厂6座、路灯729盏、公共绿地11公顷、排水管道18.5公里，新建改建公厕69座。1996年，三余、观音山镇建成省卫生镇，二甲、骑岸、石港、十总、西亭镇建成南通市卫生镇。

1997年起，市委、市政府下发《关于加快村镇建设工作的意见》《关于开展创建新型示范小城镇建设活动的意见》《关于进一步加强创建卫生镇工作领导的意见》。21个建制镇在创建卫生镇基础上，开展创建新型示范小城镇活动，组织实施“五个一”工程（建设1条上档次的主街道，1个综合性公园，1个居住小区，1个文化娱乐中心，1个工业小区），旧镇改造由原来的主街道沿街为主转向成片改造。至1999年，共拆除房屋建筑面积28万平方米，修建道路37.31公里，新建路灯1769盏、公共绿地40公顷、供水管道82.1公里，新建改建桥梁99座、公厕99座。1997年，三余、观音山镇建成南通市新型示范小城镇，二甲、石港、平潮、兴东镇建成省卫生镇，新联、川港、四安、小海镇建成南通市卫生镇。1998年，观音山镇建成省新型示范小城镇，平潮、二甲、十总、石港镇建成南通市新型示范小城镇，川港镇建成省卫生镇，北兴桥、张芝山镇建成南通市卫生镇。1999年，二甲镇建成省新型示范小城镇。2000年，川港、骑岸镇建成南通市新型示范小城镇。

2000年，乡镇行政区划调整，新建海晏、东社、五甲、五接镇；2001年2月，竹行撤乡设镇；3月，观音山、小海、竹行3镇划归南通市区后，通州市有建制镇22个。根据建制镇行政区域扩大的情况，市委、市政府发出《关于加快城镇化建设进程的意见》《关于扶持小城镇的政策意见》，继续推进卫生镇和新型示范小城镇创建。至2005年，各镇共拆除房屋建筑面积16.21万平方米，新建各类建筑72.88万平方米；建成工业园23个，面积1156公顷；新建改建道路184公里，桥梁85座，公厕140座；新建路灯1206盏，公共绿地70公顷，排水管道312公里，供水管道697公里；新增自来水日供水能力8万吨，新增环卫车辆20辆。2002年，二甲镇建成国家卫生镇，四安、兴东镇建成南通市新型示范小城镇。2003年，石港镇建成江苏省新型示范小城镇，刘桥镇建成南通市新型示范小城镇。

2007—2008年，三余、海晏、北兴桥三镇合并，刘桥、新联二镇合并，川港、姜灶二镇合并后，建制镇减少4个。2008年末，全市18个建制镇的镇区建成区面积4773.34公顷，人口21.44万人，住宅建筑984.93万平方米，公共建筑196.25万平方米，生产性建筑573.84万平方米；自来水厂33座，日供水能力15.54万立方米；道路总长560.6公里，桥梁294座，排水管道337.88公里，路灯7948盏；园林绿地833.11公顷，其中公园绿地103.44公顷；环卫车辆194辆，公共厕所253座。