1993年初，全市设16个建制镇（城区金沙镇除外，下同），镇区建成区面积共2175公顷；32个乡集镇，建成区面积共1129.7公顷。

1995年起，各乡镇以创建卫生城市为契机，掀起旧镇改造热潮。至1996年，2个镇建成江苏省卫生镇、5个镇建成南通市卫生镇。1997年起，在创建卫生镇基础上，乡镇建设向布局合理、设施配套、交通方便、环境优美、具有地方特色的社会主义新型示范小城镇发展。1997—1999年，2个镇建成省新型示范小城镇，5个镇建成省卫生镇，6个镇建成南通市新型示范小城镇，6个镇建成南通市卫生镇。2000年起，全市加快村镇建设步伐，配套建设道路、桥梁、给排水、绿化等基础设施，逐步推进工业园区和农民集中居住区建设，小城镇面貌发生根本变化。2000—2005年，1个镇建成国家卫生镇，1个镇建成省新型示范小城镇，5个镇建成南通市新型示范小城镇。至2005年末，全市共有国家卫生镇1个，省卫生镇6个，南通市卫生镇11个；建成省新型示范小城镇2个，南通市新型示范小城镇10个。

2006年起，通州市制定社会主义新农村规划纲要，村镇建设向“产业相对集聚、居住相对集中、土地相对集约、农村基础设施各要素相对集成”方向发展。并在三余镇域内黄海边开辟滨海工业区（2009年4月更名为滨海新区），在张芝山镇启动苏通大桥工业区（2009年3月更名为苏通大桥科技产业园）建设，各镇工业园区初具规模，农民集中居住点建设已经起步。