1993年以前，境内各行政村根据所在乡镇总体规划，按“统一规划、有利生产、方便生活、节约耕地、保护环境”原则，制定村建房规划。规划一般以行政村、组的道路或河道两侧安排村民建房位置，呈“一”字形或“非”字形排列，俗称“规划线”。

1996年起，根据省委、省政府部署，市城建部门组织乡镇政府编制乡镇域规划（1996—2010）。各乡镇在市城建委指导下，组成规划编制组，按照“适应农业现代化和乡村城市化的需要，逐步缩并自然村，以行政村作为合并的基本单位，形成中心村、基层村，严格控制建设用地，与市域规划相衔接”原则，编制49个乡镇规划，经南通市政府验收组验收合格后，由通州市政府批准施行。此次规划确定乡镇域范围、村庄与集镇的范围、人口、住宅与建设用地、道路交通、水系、供电、邮政、供水、绿化、环卫、环保、商贸、文教、卫生、工业、农业布局等，改变以往“一”字或“非”字形建房格局，实行缩并自然村，集中村民住宅，建设中心村、基层村，形成布局合理、设施配套、功能齐全的村庄规划体系。全市规划规模为500人以上并设有基本生活服务设施，交通比较方便，位置相对适中的中心村583个，300人以上并有简单生活服务设施的基层村3321个。

2005年，根据省政府统一部署，组织各建制镇编制镇村布局规划。按照“贯彻科学发展观，统筹城乡发展，构建和谐社会，引导农民集中居住，工业向镇以上工业片区集中，促进村庄适度集聚和土地资源的节约利用，农村基础设施集约配置，促进整合农业生产和生态空间”的指导思想，由各镇委托市城园规划设计有限公司编制，共形成23个规划文本、732个村庄规划图。规划确定全市城镇规划等级结构为中心城区、中心镇、一般镇三个等级。规划期至2020年，中心城区人口24万人，建设用地23平方公里；二甲、三余、石港、平潮4个中心镇，镇域人口各10万人左右，镇域面积各100～120平方公里，镇区人口各5万人左右；18个一般镇调整为11个，镇域人口各5万人左右，镇域面积各50～100平方公里，镇区人口各为2.5万人；8305个自然村落撤并调整为732个农民集中居住点；村庄住户由32.83万户减为15.37万户，人口由92.52万人减为49.17万人；村庄建设用地由1.4万公顷减为4294.4公顷，人均建设用地由151.8平方米减为87.3平方米。该规划于2006年6月经市政府批准，规划实施后可节约建设用地9748公顷。在确定农民集中居住点的基础上，开展农民集中居住点启动区总平面布局规划，2006年12月全部完成，并经市政府批准实施。