1993年初，二甲、三余、石港、平潮4个老县属镇和1983年以后新设立的西亭、十总、骑岸、四安、刘桥、观音山、兴仁、兴东、张芝山、川港、姜灶、小海12个建制镇，均编有镇总体规划。1993—1996年，先锋、北兴桥、正场、新联、平东先后撤乡建镇。1994年起，各镇分别委托省城乡规划设计院、南通市规划设计院等，进行新一轮建制镇总体规划修订。至1999年，全市22个建制镇完成1996—2010年镇区总体规划设计，规划方案通过专家评审。此轮规划近期为1996—2000年，远期为2001—2010年，明确城镇建设指导思想和发展目标、镇区发展方向、规划布局结构，包括各类用地、环境保护、环境卫生、综合防灾、基础设施规划等，并附有各镇区的区域位置、现状、近期和远期规划、道路结构、供电和给排水规划等图件。

2000年，乡镇行政区划调整，新建海晏、五甲、东社、五接4个镇。2001年，观音山、小海、竹行镇划归南通市区，至此，全市建制镇为22个（金沙镇除外，下同）。根据乡镇合并后的实际情况，以及经济社会发展需要，市政府部署各镇编制或修编建制镇总体规划，至2005年，22个建制镇全部完成城镇总体规划修编。规划近期为2001—2010年，远期为2011—2020年，根据城镇体系规划和各镇所处位置，调整指导思想和发展目标、镇区发展方向、规划布局结构，提高各类用地、环境保护、环境卫生、综合防灾、基础设施规划等指标。22个建制镇近期镇区人口33.85万人，远期52.86万人，规划区总面积8044.86公顷。

2006年，根据《通州市社会主义新农村建设规划纲要》和苏通大桥、宁通铁路东延等重大项目建成给市域经济带来重大变化，市政府组织各建制镇政府开展新一轮建制镇总体规划修编。2007年，海晏、北兴桥与三余镇合并设立新的三余镇，新联与刘桥镇合并设立新的刘桥镇；2008年，川港镇与姜灶镇合并设立川姜镇，至此全市建制镇为18个。至2009年6月，四安、张芝山、西亭、骑岸、川姜、五甲、十总、兴东、五接、平东、三余、二甲、石港、平潮14个镇的城镇总体规划得到市政府批准。此次规划近期至2010年，远期至2020年；城镇人口近期34万人，远期57万人；城镇规划区面积217平方公里，其中，张芝山、川姜、三余、西亭镇的镇域面积全部为城镇规划区范围，共195.31平方公里。