1994年，市政府委托南通市规划设计院编制《通州市市域城镇体系规划（1995—2010）》和《通州市城市总体规划（1995—2010）》。市域城镇体系规划用于综合评价城镇发展条件，制定区域城镇发展战略，预测人口增长，拟订各相关城镇发展方向和规模，协调城镇发展与产业配置时空关系，统筹安排区域基础设施和社会设施，引导和控制市域城镇合理发展和布局，指导城市总体规划编制。两规划于1995年11月通过省建设委员会组织的专家评审，1996年2月经省政府批准施行。

2001年，为进一步优化市域城镇空间布局，加速城市化进程，市政府委托省城市规划设计研究院修编《通州市市域城镇体系规划（2001—2020）》和《通州市城市总体规划（2001—2020）》。两规划于2002年11月通过省建设厅组织的专家评审，并经市人大常委会决议通过。

2006年，为适应新时期城市快速发展的需要，市政府委托省城市规划设计研究院修编《通州市市域城镇体系规划（2006—2020）》和《通州市城市总体规划（2006—2020）》。两规划于2006年5月着手编制，2007年8月9日和2008年1月25日，规划纲要和规划成果先后由省建设厅组织专家论证通过。2008年4月25日，市第十四届人大常委会第二次会议决议通过。

《通州市市域城镇体系规划（2006—2020）》  规划期限：近期为2006—2010年，远期为2011—2020年，远景展望50年。区域功能定位：长江三角洲北翼的先进制造业基地，苏南苏北接轨的前沿阵地之一，南通都市区的重要组成部分。人口与城市化水平预测：2010年市域总人口124万人，其中，城镇人口66万人，城市化水平为53.2%；2020年市域总人口127万人，其中城镇人口84万人，城市化水平为66.1%。城镇结构：规划形成1个中心城区、2个重点中心镇、9个一般镇的城镇结构，金沙镇即中心城区，全市政治经济文化中心，未来南通市区的次中心；石港、二甲为重点中心镇、工贸型古镇；刘桥、三余、平潮、川姜为工贸型城镇；十总、张芝山为工业型城镇；东社为商贸型城镇；兴仁、先锋为交通、物流型城镇。

《通州市城市总体规划（2006—2020）》  规划期限：近期为2006—2010年，远期为2011—2020年，远景展望50年。城市性质：长江三角洲北翼工贸城市，南通市区次中心城市，具有沿海风情的现代化宜居城市。城市人口规模：近期23万人，远期35万人。城市建设用地规模：近期23.9平方公里，远期40.18平方公里。城市发展方向：西进、南拓、东延、北整。中心城区范围：东至外通掘公路，南至通甲公路，西至金沙镇花家渡村，北至北三环路，总面积95平方公里。总体布局：规划继续完善旧城区商业设施，形成城区商业中心，整合世纪大道两侧用地，集中设置市级公共设施，形成纵向商业活动轴；沿朝霞路规划市级文化体育中心、社区中心，形成横向休闲活动轴；纵横交汇处形成公共设施“核”，包括行政中心、文化中心、商务中心，构成“一核两轴”的“十”字形公共设施空间布局形态。围绕中心区布置城市生活用地，结合城区对外交通布置城市工业用地，最终形成“东、北生活，西、南生产”的空间格局。以竖石河、新江海河、通吕运河等河道为依托，形成城区内部纵横组织、蓝绿相融、网络状的生态廊道，利用生态廊道将城区划分为三个片区和多个组团。其中，主城片区为城区核心生活片区，包括旧城区、城南新区、城东新区、城北区四个组团；城西、城南两个片区以工业为主，适当布置生活设施，为相对独立的片区。