1994年，市政府委托南通市规划设计院编制《通州市市域城镇体系规划（1995—2010）》和《通州市城市总体规划（1995—2010）》，此后，分别于2001年和2006年两次委托省城市规划研究院对这两个规划进行修编，规划下限也由2010年延至2020年。在城市总体规划引领下，市内有关单位也分别委托相关权威部门先后编制绿地、消防、水环境整治、环境卫生、抗震防灾、人防、燃气、给水、排水等专项规划和新城区、老城区及新金西路西延区控制性详细规划。同时，各建制镇先后编制镇总体规划。至2009年6月，全市18个建制镇（金沙镇除外）中，有四安、张芝山、西亭、骑岸、川姜、五甲、十总、兴东、五接、平东、三余、二甲、石港和平潮14个镇的城镇总体规划得到市政府批准。