1995年7月，首次组织国有建设用地使用权招标出让，经过投标人竞争，开发区一宗1.33万平方米的国有建设用地使用权，由南通市城乡建设发展公司中标，出让金318万元。

1996年9月，首次公开拍卖位于骑岸镇经贸中心大楼北侧的一宗国有建设用地使用权，面积460平方米，出让期限50年，出让单价每平方米217元。同年12月，公开拍卖通州经济开发区A地块的国有土地使用权，面积2.91万平方米，以每平方米515元的价格成交。

2001年8月，召开国有建设用地使用权招标大会，推出城区R-230和石港镇广慧禅寺的两幅地块，全部成交，其中城区R-230地块，以568.88万元成交，折合每平方米618元。

2002年4月，首次采用国有建设用地使用权挂牌出让方式，出让地位于西亭派出所西侧，面积1296平方米，成交金额27.9万元，平均每平方米215.28元。同年11月，位于金沙城区的市糖烟酒公司仓库地块挂牌出让，面积3136.9平方米，成交金额340万元，平均每平方米1083.87元。

2003年，川港、兴仁、平潮等8个镇实施国有经营性用地拍卖挂牌出让。2005年，经营性用地拍卖挂牌出让扩大到市内16个镇。2007年1月起，全面推行工业用地招拍挂出让。

截至2009年6月底，共完成工业用地招拍挂出让156宗，面积4.02亿平方米，成交金额8.27亿元。国有建设用地使用权拍卖出让最大面积为川港镇中国家纺城地块，面积62.37万平方米，成交金额2.28亿元；挂牌出让最大面积是兴仁镇三庙村地块，面积30.55万平方米，成交金额1.81亿元。

1992年7月，县土地管理局以协议方式出让首宗国有土地使用权，出让地位于横港乡港南村14组，受让方为横港乡港南村，出让面积333平方米，用途为建造住宅楼，使用年限50年，出让金额1.33万元。

1992年11月10日，县政府颁发《南通县国有土地使用权出让和转让暂行规定》，对土地使用权协议出让，规定有意受让人应先向县土地管理局提出书面申请和开发建设方案，县土地管理局与符合条件的有意受让人进行协商，达成协议后，签订土地使用权出让合同。协议出让土地实行最低保护价：金沙镇每平方米140元，经济开发区每平方米135元，其他集镇每平方米110～130元。

1996年，协议出让位于通州港区的一宗国有土地使用权给韩国水山造船集团，出让面积63万平方米（滩涂、水面为主），出让金额4445万元。

1993年—2009年6月，共协议出让国有建设用地使用权1538宗，面积1623.13万平方米，出让金额6.69亿元。