1999年5月，市土地管理测绘站更名为市土地勘测事务所。2001年11月起，测绘行政管理职能统一由市国土资源局承担。2004年7月，市国土资源局牵头组成联合执法检查组，集中整治全市地图市场，对城区和主要建制镇的书店、小商品集散地、公共场所的地图类商品进行检查。在通州广场书柜，查出由山东省地图出版社发行的《中国自助游》图书，其所附的中国地图把香港和澳门所在地表示的图例与首都北京一样，对此书以及同时查到的其他漏绘、错绘和没有审图号的地球仪、儿童智力拼图等，当场依法收缴。

2001年—2009年6月，全市共有5万元以上测绘工程17件，其中通过招标投标的工程5件、通过发包承包方式的工程12件。

1994年，市土地管理局与省交通厅设计院、省地矿局地质测绘院合作，采用GPS技术布设D级点61个。2005年，南通市国土资源局与江苏省测绘工程院合作，在通州市辖区内布设D级GPS点139个。至2005年末，全市保存相对完好的各类永久性测量标志322个，其中GPS点214个、三角点17个、水准点91个。同时，建立由测量标志保管员、镇国土资源所和市国土资源局组成的三级测量标志管护网络，将所有测量标志点办理了委托保管手续。

2004年，因新建海二公路无法避开，需要迁移Ⅲ-34-5-1水准点，由建设单位委托通州市测绘院实施迁移，经南通市国土资源局验收通过。2005年，南通明德重工有限公司建设厂房无法避开二等水准点，经建设单位申请，市国土资源局按规定权限报经江苏省测绘局批准迁建。

2006年6月，启动永久性测量标志维护，通过公开招标，由南通蓝图测绘有限公司承担具体维护工作，共有维护点303个，其中省级托管点26个、南通市级托管点266个、通州市管理的点11个。2007年6月27日，通过南通市国土资源局的验收；8月9日，通过省测绘局的验收，并获得南通地区的最高分（94分）。2008年，市国土资源局被评为全省测量标志维护先进集体。