1992年8月，召开全县首批国有土地使用权确权发证大会，共颁发《国有土地使用证》146本。1993—1994年，结合开展第一轮城镇地籍调查，继续进行城镇土地使用权确权登记发证工作，对符合发证条件的用地单位和个人，共颁发国有土地使用证9230本，集体土地建设用地使用证1634本。合计发证面积549.02万平方米。

1995年，开始办理土地使用权变更登记，共办理12宗、面积2.29万平方米。对20个建制镇旧镇改造涉及到的402宗、28.31万平方米土地，以及在日常土地登记发证工作中涉及到的326宗、12万平方米土地，进行土地使用权注销登记。

1999年4月起，对全市农村居民宅基地进行集体土地使用权登记发证工作。截至2000年底，共发农村居民集体土地使用证22.77万本，占应发证户的90%以上。

2002年，借鉴苏州市国有土地使用权分割登记经验，对市开发区东大二期工程、通州幼儿园、银河集贸市场、三余集贸市场等4个地块商住楼的土地使用权进行分割登记试点，共发放国有土地使用权分割转让许可证532本。

2002—2003年，市国土资源局与南京师范大学国图信息公司合作，成功设计农村居民宅基地管理系统软件，并在全市23个国土资源所陆续安装使用。至2003年末，全市20多万份宅基地登记发证资料均录入电脑，实现宅基地登记资料微机化动态管理。

2007年初，市国土资源局提出“数据先行，纸质后行，平台前移，联网审批”土地登记发证目标，开展土地登记地籍管理信息化系统建设，至当年10月，基本实现土地登记联网审批。

至2009年6月底，共发放国有土地使用证3.29万本，集体土地使用证24.50万本，基本完成全市土地使用权登记发证工作。

2000年起，开展集体土地所有权登记发证工作，先在五窑乡的芦鸭荡、栾甸、磨担桥等10个村进行集体土地所有权申报登记试点，然后在全市推开。至2003年末，全市集体土地所有权登记发证全面完成，共发放集体土地所有证470本。同年，市国土资源局与南京师范大学国图信息公司合作，建立了农村地籍管理系统。2004年—2009年6月，共发放集体土地所有权登记证78本。

1994年9月，市土地管理局为急需周转资金的通州市对外贸易公司办理第一宗国有土地使用权抵押登记，抵押权人为中国银行通州市支行，抵押土地位于二甲镇交通街10号，面积1809.4平方米，抵押贷款金额100万元，贷款期限半年。至2009年6月底，共办理土地使用权抵押登记3632宗，抵押面积5480.93万平方米，抵押金额162.32亿元。

2001年3月，根据《中华人民共和国土地管理法》规定，收回位于城区交通路东侧、市实验幼儿园西侧两宗国有土地使用权、计3541.29平方米；原使用单位为市交通局、市航运公司，面积分别为2401平方米和1140.29平方米。2001年4月，收回二甲镇光明东路拓宽改造、绿化扩建、拆迁安置工程红线范围内144宗、计1.29万平方米划拨国有土地使用权，其中单位土地使用权21宗、计3065.1平方米；个人土地使用权123宗、计9857.49平方米。同年，收回城区C-205、R-216、R-219和石港镇旧镇改造地块的国有土地使用权，合计面积3.39万平方米。2005年，为城区和各建制镇进行旧城镇改造，改善人居环境，收回国有土地使用权25宗，涉及面积23.2万平方米。截至2005年末，共收回国有土地使用权面积28.24万平方米。

2006年，配合旧城改造，收回城区建设路南段东侧改造地块、城区辉煌建设中心地块、市农林局北侧地块、城区C-338和R-308地块、石港镇特色文化区地块。2007年，收回市燃料总公司和市建设材料公司（余北）地块、原南通盐场地块和市区C-322地块。2008年，收回城区五一路地块、城区R-319地块、R-331地块、G337地块和滨海工业区商业中心SA、SB、SC地块。2009年上半年，收回石港镇集贸市场S1、S2地块和城区R-313地块。