1993—1998年，征用耕地、蔬菜地，按征用前三年平均年产值6倍计算，征用粮棉田为每亩2400～3000元，征用蔬菜田为每亩4000～5000元；征用鱼塘、藕塘、养殖场、果园、竹园、林地等土地，按年产值的5倍计算；征用滩地、水塘、苇塘和其他有收益的非耕地，按年产值的3倍计算，征用宅基地按邻近耕地补偿标准计算。

1999—2003年，征用耕地、蔬菜基地，按征用前三年平均年产值的6～10倍补偿，年产值为一般耕地每亩1350元，老蔬菜基地每亩3350元，新蔬菜基地每亩2550元；征用种植特种作物的耕地，按征用前三年平均年产值的5～8倍补偿，年产值为每亩1800元；征用有收益的非耕地，按征用前三年平均年产值的4～6倍补偿，年产值为每亩700元。

2004年起，征地补偿标准调整为：一般耕地每亩1.4万元，老蔬菜基地每亩3.35万元，新蔬菜基地每亩2.55万元。

1993—1998年，被征地单位农业人口人均耕地在1亩以上的，安置补助费按征地前三年平均每亩年产值的3倍计算；人均耕地不满1亩的，以年产值的4倍起算，人均耕地每减少0.1亩，相应增加年产值的1倍计算，最高不超过年产值的10倍；征用非耕地的，按该土地年产值或略低于邻近耕地年产值的倍数计算。

1999—2003年，征用耕地安置补助费为征用前三年平均每亩年产值的4～6倍；被征地单位人均耕地不满1亩的，最高不超过亩均年产值的15倍。

2004年起，安置补助费标准调整为：按照需要安置的被征地农民人数计算，每一名安置补助费1.3万元。

2006年，根据省和南通市的规定，市政府出台《通州市征地补偿和被征地农民基本生活保障试行办法》，先在开发区九华山村进行被征地农民基本生活保障试点，然后在全市推开。征地补偿和被征地农民基本生活保障由市政府统一负责，确定市土地行政主管部门具体负责征地补偿和征地补偿安置费用的收取和解缴；市劳动和社会保障部门具体负责被征地农民基本生活保障资金的发放管理；市财政部门具体负责被征地农民基本生活保障资金的落实和管理；市委农村工作办公室具体负责安置指标评定落实指导工作；市公安部门具体负责农村集体经济组织成员数据库的管理；市审计部门依法加强对征地补偿资金和被征地农民基本生活保障资金的审计监督；市民政、监察等部门按照各自职责，共同做好相关工作；有关镇政府、开发区管委会负责相关工作的具体实施。从征地补偿安置方案批准之日为起点，将被征地农民划分为四个年龄段：第一年龄段为16周岁以下；第二年龄段为女性16周岁以上至45周岁，男性16周岁以上至50周岁；第三年龄段为女性45周岁以上至55周岁，男性50周岁以上至60周岁；第四年龄段（养老年龄）为女性55周岁以上，男性60周岁以上。第一年龄段人员一次性领取5000元的生活补助费，该年龄段人员领取一次性生活补助费后，不再纳入基本生活保障。第二、三、四年龄段人员，可以选择是否参加基本生活保障，保障标准：第二年龄段人员，从实行基本生活保障的当月起领取生活补助费140元，时限2年，到达养老年龄后，按月领取养老金160元；第三年龄段人员，从实行基本生活保障的当月起，至到达养老年龄时止，按月领取生活补助费140元，到达养老年龄后，按月领取养老金160元；第四年龄段人员，从实行基本生活保障的当月起，按月领取养老金160元。基本生活保障标准根据经济社会发展水平适时调整。

1993—1998年，根据《南通县土地管理细则》和《通州市实施〈土地管理法〉细则》，对地上附着物补偿费规定：房屋按结构、面积、新旧程度，给予合理补偿；青苗补偿费，一般按一季农作物的产值计算，能收获的不予补偿；多年生经济林木，可以移植的，由建设单位付给移植费，不能移植的，由建设单位给予合理补偿或作价收购。

1999—2003年，征用土地涉及房屋及其他建筑物、构筑物的补偿费，按照重置价格和新旧程度确定。农田水利工程设施、人工养殖场及电力、广播、通讯设施等附着物，按等效替代的原则付给迁移费或补偿费。青苗补偿费标准：夏熟作物每亩420元，秋熟作物每亩930元，蔬菜基地每亩1000元，特种作物每亩900元，精养鱼塘每亩800元，普养鱼塘每亩600元，有收益的非耕地每亩350元。

2004年起，青苗补偿费调整为：夏熟作物每亩450元，秋熟作物每亩950元，蔬菜基地每亩1050元，园地、林地每亩1000元，精养鱼塘每亩1000元，普养鱼塘每亩750元，有收益的非耕地每亩400元。

国有土地有偿划拨费  1994年10月20日起，根据省财政厅、省物价局、省土地管理局规定，由市土地管理部门向用地单位收取（代省征收）。划拨城镇国有土地，按每平方米30元收取；国有荒滩、荒地，按每平方米7.5元收取；城镇以外的其他国有土地，按每平方米15元收取。2008年9月1日起，根据省政府通知精神，取消此项收费。

征地管理费  1993年12月19日起，根据省财政厅、省物价局、省土地管理局规定，由市土地管理部门向用地单位收取（代省征收），标准为征地总费用的3%。2008年9月1日起，取消此项收费。

土地出让业务费  1993年12月19日起，根据省财政厅、省物价局、省土地管理局规定，由市财政部门按实际收到的土地出让金总额的3%（2007年起调整为1.5%），核拨给市土地管理部门在办理土地有偿使用工作中所需的业务费，并监督使用。

土地复垦费  1993年12月19日起，根据省财政厅、省物价局、省土地管理局规定，按征用基本农田保护区、菜地每亩2000元的标准，由市土地管理部门在审批建设用地时收取，专款专用。

耕地开垦费  1999年1月1日开始代省征收，收取标准为每平方米7元。2006年5月1日起，调整为每平方米11元。

撤组预备费  1988年9月8日，县政府颁发的《南通县土地管理细则》规定，撤组预备费征收标准为：被征地后的村民小组农业人口人均耕地在0.4亩（含0.4亩）至0.3亩，每亩2000元；0.3亩（含0.3亩）至0.2亩，每亩3000元；0.2亩（含0.2亩）至0.1亩，每亩4000元。1996年9月28日起，根据市政府颁发的《通州市实施〈土地管理法〉细则》规定，撤组预备费征收标准调整为：被征地后的村民小组农业人口人均耕地在0.5亩（含0.5亩）至0.4亩，每亩2000元；0.4亩（含0.4亩）至0.3亩，每亩3000元；0.3亩（含0.3亩）至0.2亩，每亩4000元；0.2亩（含0.2亩）至0.1亩，每亩5000元。此项费用由市土地管理部门向用地单位收取，专项用于撤销村民小组改建居委会。

农业重点开发建设资金  1993年—1995年7月1日，征收标准为每平方米1.5元；1995年7月1日起，调整为每平方米3元，由市土地管理部门向用地单位收取（代省征收）。

新增建设用地有偿使用费  1999年1月1日开始征收，征收标准为每平方米17元。2006年起，调整为每平方米34元。

土地权属和用途变更费  1993年12月19日起，根据省财政厅、省物价局、省土地管理局规定代省征收，征收标准：金沙城区（包括开发区）为每平方米2元，乡镇为每平方米1元。2008年9月1日起，取消收费。