1987年以前，南通县未设置专门负责土地管理的机构，建设用地的审批程序和批准权限等多次变化，没有严格规范。1988年9月，县政府颁布《南通县土地管理细则》，明确各类建设用地的标准、审批程序和批准权限：国家建设、乡（镇）村集体建设征用土地，耕地3亩以下、其他土地10亩以下，由县政府审批；耕地3亩以上、15亩以下，蔬菜地3亩以下，其他土地10亩以上，报南通市政府批准；耕地15亩以上，蔬菜地3亩以上，其他土地20亩以上，报省政府批准。

1996年9月28日，市政府颁布《通州市实施〈土地管理法〉细则》，对国家建设征用土地的审批权限调整为：征用耕地1000亩以上，其他土地2000亩以上，报省政府转报国务院批准；征用耕地30亩以上，蔬菜地3亩以上，其他土地50亩以上，报省政府批准；征用耕地3亩以上、30亩以下，蔬菜地3亩以下，其他土地10亩以上、50亩以下，报南通市政府批准；征用耕地3亩以下，其他土地10亩以下，由通州市政府批准。

1999年起，根据《中华人民共和国土地管理法》规定，国家实施土地用途管制制度，改革建设项目用地审批程序，对耕地进行特殊保护。因建设需要征用农民集体所有土地的审批程序为：建设单位持建设立项批文、规划选址意见书、规划红线图等资料，向市土地管理部门申请建设用地；市土地管理部门对建设项目规划、产业政策等内容进行预审，涉及占用农用地的要考虑是否有农用地转用指标，并拟订农用地转用方案、补充耕地方案、征用土地方案、供地方案，逐级上报批准；经有权机关批准征用土地后，由市政府发布《征用土地方案公告》，市土地管理部门与用地单位签订国有土地使用权出让合同或发划拨土地批准文件。征用土地的审批权限为：征用基本农田和基本农田以外的耕地超过35公顷，其他土地超过70公顷，报国务院批准；其余建设项目占用土地，包括涉及农用地转为建设用地，报省政府批准。

1993—1996年，通州市以上政府共审批国家建设项目用地501宗，征用土地4696.68亩；集体建设项目用地105宗，使用土地421.9亩。1997—1998年，根据国家土地管理局《关于冻结非农业建设项目占用耕地的通知》精神，冻结非农业建设占用耕地。在1997年4月15日冻结用地审批前，审批国家建设项目用地和补办用地269宗、征用土地1305.9亩；集体建设项目用地7宗，使用土地13.1亩。1998年，全市经省政府批准的重点项目及安居工程建设和补办用地224宗，面积919.1亩，其中占用耕地369.8亩；集体建设项目用地10宗，面积13.1亩。

1999年后，全市经济社会快速发展，建设用地需求与土地利用年度计划指标差距较大，按照“有所保、有所控、保障重点”的原则，合理安排土地利用年度计划指标，优先保障重点项目用地。2004年，在国家实行建设用地审批管理“三个暂停”（暂停审批农用地转为非农用地，暂停涉及基本农田保护区调整的各类规划修改，暂停修改涉及土地利用的各类规划）措施后，通州市是全省首批恢复农用地审批的县（市）之一，在南通市六县（市）中率先报批6个批次的建设用地，从而保障重点建设项目急需用地。2005年，加大对已征未供土地的供应力度，供地率超过85%，基本满足建设项目的需要。

1999年—2009年6月，共报批征地项目用地114批次，涉及征地面积3.6万亩。