1993—1996年，为使有限的土地资源合理开发利用，全市各乡（镇）做好废弃宅基地、废坟地和废砖瓦窑占地的复垦工作，共复垦开发土地2.06万亩，其中用作耕地1.32万亩，养殖水面5931.9亩，各种园地171.6亩，建设用地1223.3亩，其他用地131.3亩。1996年，五接乡开沙岛围垦开发列入省重点复垦开发项目，开发面积1034亩，当年完成修筑圩堤、开挖匡河，新增耕地476亩，精养鱼池346亩。此后，市土地管理部门进一步加强耕地占补平衡项目库建设，组织人员实地踏勘调查，认真筛选耕地占补平衡项目，实现复垦开发地块、开发单位、开发责任、开发资金四落实。

1993年—2009年6月，全市共列入补充耕地项目475个，补充耕地4.52万亩。

东社土地整理综合开发项目  1995年5月，东社乡承担省土地整理综合开发项目。项目区涉及东社乡4个村，面积5410亩，其中低洼地1300亩，未利用土地210亩，平整土地3400亩，废沟呆塘500亩。共投资455万元，其中省拨款50万元（无偿拨款25万元，无息贷款25万元），南通市配套费12.5万元，通州市配套费12.5万元，东社乡自筹380万元。项目完成后净增加耕地710亩。2000年末，省国土管理局在通州市召开全省土地整理复垦项目现场会，同时验收东社土地整理综合开发项目。

骑岸国家土地整理示范项目  2002年，市国土资源局对骑岸镇土地后备资源进行调查分析，申报国家土地整理项目。经国土资源部组织专家论证，确定列为国家投资土地整理示范项目。项目区土地总面积1.46万亩，投资估算额2659.51万元。项目实施后新增耕地2062亩。2004年11月开始实施，工程分三期进行：一期土方工程占90%，道路和防渗渠道建设占10%；二期土方工程占60%，道路、防渗渠道、桥梁、泵站建设和房屋拆迁占40%；三期土方工程占70%，道路、防渗渠道、桥梁和绿化等建设占30%。2008年5月，该项目通过验收。

十总国家土地整理示范项目  2004年，十总镇土地整理项目经过省国土厅论证，被列为国家投资土地整理示范项目。项目区土地总面积9454亩，投资估算额1279万元。项目实施后新增耕地1340亩，2004年6月开始实施，2009年2月，该项目通过验收。