1996年9月，市政府颁布《通州市实施〈土地管理法〉细则》，各乡（镇）长与市政府签订保护耕地责任状，在“九五”期间确保实现下列目标：基本农田保护率达到100%，禁止以各种形式新建、扩建砖瓦窑；无越权批地行为，按规定报批率为100%；杜绝未经批准擅自占用土地的现象，严格控制超过批准用地数量多占土地的行为。

2004年4月，在进行基本农田保护工作大检查的同时，将基本农田保护指标层层落实到地块、村组和农户。建立市、镇主要领导任期基本农田保护目标责任制，并纳入各级政府任期考核内容。在此基础上，建立“基本农田占补平衡制度”“基本农田巡回检查制度”“基本农田用途管制制度”“基本农田质量保护制度”等制度，先后投入经费100多万元，设立镇、村基本农田保护标志牌409块，并建立和健全市、镇、村、组四级巡查保护网络，从而确保划定的基本农田保护区得到可靠和持久的保护。

2007年起，市国土资源局同时建成耕地保护市、镇、村三级管理网络和监督网络的监管体系，在南通市乃至全省首创耕地保护“三级两网”。市政府成立由市长任组长，分管副市长为副组长，市政府办、监察、国土、农林、财政、农办、水利、环保等部门负责人为成员的耕地保护领导小组，并聘请部分人大代表、政协委员为耕地保护监督员，加强对耕地保护工作的管理和监督。各镇、村分别设立监管办公室和监管站，并建立耕地保护管理网络和耕地保护监督网络。同时，开展土地管理十佳模范村和十佳示范村评比活动，奖励耕地保护工作先进。

整顿砖瓦窑厂  砖瓦窑厂为市内耗用黏土大户。为搞好黏土资源保护和合理开发利用，市土地管理部门注重砖瓦窑厂的用土管理，杜绝超面积、超深度取土；对已被采挖过黏土的农田，严格按要求复垦，并及时组织验收。1994年，全市共有砖瓦窑厂129个，其中小窑44个、轮窑85个。1994—2003年，通过清理整顿，对既无批准建窑手续、又无土源的砖瓦窑厂限期关停，累计拆除小土窑19个、立窑14个，平窑复耕土地900多亩。2004—2005年，继续加大对砖瓦窑厂治理整顿。截至2005年末，全市有砖瓦窑厂76个，其中18～24门窑52个、26～38门窑10个、隧道窑1个、旋窑1个、18门窑以下（含小土窑、小立窑）12个。

2005年12月—2007年12月，市国土资源局与相关部门密切配合，集中整治砖瓦窑企业，规范矿产资源开采秩序，全面推进采矿权市场建设，共关闭砖瓦窑13个，其中拆除砖瓦窑8个、停产5个。2008年—2009年6月底，又拆除无证砖瓦窑3个。

推广淤泥制砖  1993年起，市土地管理部门与农业、水利部门配合，将采挖制砖瓦用土与土地整理及水利建设有机结合，推广利用河道疏浚中取出的淤泥制砖，以替代从农田直接挖掘黏土、破坏耕作层的做法。

2004年，市国土资源局与水利局等部门配合，通过调查，摸清全市黏土资源储量，对每个资源点进行编号，制定科学合理的黏土资源利用规划，全市共规划1892个黏土资源开采点，可开采储量1281万立方米。同时，成立市采矿权市场建设工作领导小组，建立市场化配置黏土矿产资源体制，推进黏土资源采矿权有偿出让工作。2004—2005年，共挂牌黏土资源116宗，出让面积14.53万平方米，出让成交金额45.8万元。

2007年起，对砖瓦窑厂停止供应农田黏土，所需土源全部从水下获取。市国土资源局制定淤泥矿产资源储量利用规划，淤泥开采全面纳入采矿权市场，实行有偿出让，按规定征收采矿权价款，对淤泥出让实行最低保护价，出让底价不少于1.8元/立方米。

2008年，按照国土资源部《关于加强矿业权管理信息化建设工作的通知》要求，实行采矿权统一配号，市国土资源局在完成采矿审批登记后，通过互联网将采矿登记信息上传至国土资源部备案，国土资源部配号系统收到上报信息后，生成采矿许可证号码，实现采矿许可证号的全国统一发放和管理。采矿权设立、年检、变更、注销等全部通过与省国土资源厅联网进行。全市共发放采矿许可证54本。

2007年—2009年6月底，全市共挂牌出让淤泥资源335宗，成交金额97.6万元。