根据省和南通市的部署，1993年8月，通州市成立以分管副市长为组长的市编制土地利用总体规划领导小组，市土管局、经委、计委、城建委、财贸办、财政局、交通局、水利局、农业局等部门负责人为小组成员，聘请南京农业大学教授为顾问。规划期为1991—2000年。通过实地调查、广泛收集全市自然资源、土地利用和经济社会等方面的数据、图件、文件，依据通州市国民经济和社会发展总体规划以及各部门用地预测和专项规划，进行认真研究，反复论证，编制成《通州市土地利用总体规划（1991—2000）》和《通州市土地利用潜力分析》《通州市人口及土地需求量预测》两个专题研究报告。1993年12月27日，《通州市土地利用总体规划（1991—2000）》通过省和南通市土地利用总体规划领导组评审验收。该规划获1994年度国家土地管理局土地利用优秀成果二等奖。1994年9月7日，市政府决定正式实施《通州市土地利用总体规划（1991—2000）》。

1998年1月，根据中共中央、国务院《关于进一步加强土地管理，切实保护耕地的通知》和省政府《关于认真做好土地利用总体规划编制、修订和实施工作的通知》精神，通州市成立市、乡（镇）两级土地利用总体规划修编工作领导小组，并从相关部门抽调人员组成工作组。10月，形成《通州市土地利用总体规划（1997—2010）》文本及说明书和规划图、《通州市基本农田保护区规划专题研究报告》文本和图件、《通州市土地整理与复垦开发专题研究报告》文本和图件、《通州市耕地总量动态平衡专题研究报告》。1998年11月初，《通州市土地利用总体规划（1997—2010）》通过省、南通市验收，2000年1月，《通州市土地利用总体规划（1997—2010）》获省政府批准。

2002年8月，根据省国土资源厅《关于积极开展乡镇土地利用总体规划调整完善工作，进一步落实基本农田保护区面积的通知》精神，通州市成立土地利用规划调整工作领导小组，市国土资源局承担具体工作业务，依据1998年编制的《通州市土地利用总体规划（1997—2010）》，结合经济社会快速发展的需求和上级下达的各项控制指标综合研究、测评，年末完成土地利用总体规划的调整，形成《通州市土地利用总体规划（1997—2010）》调整文本、说明书和图件。2004年2月，省国土资源厅土地利用总体规划评审组对通州市土地利用总体规划调整成果进行评审验收。同年4月，省政府批准金沙镇、二甲镇、三余镇、平潮镇、石港镇的土地利用总体规划，南通市人民政府批准其余18个镇的土地利用总体规划。

2005年，国务院办公厅转发国土资源部《关于做好土地利用总体规划修编前期工作的意见》，要求积极做好规划修编的前期工作。新一轮土地利用总体规划修编规划期为2006—2020年，以2010年为近期规划，以2020年为规划目标年。市国土资源局按照要求，做好规划实施评价和修编前期调研工作，整理汇总了《通州市国土资源统计数据册（1997—2007）》。

2009年起，新一轮土地利用总体规划进入大纲编制阶段，市国土资源局成立规划修编工作领导小组，聘请南京大学为规划编制单位。当年3—6月，着手进行资料收集整理、指标分解和数据汇总等工作。

1995年3月，根据省和南通市政府关于做好基本农田保护区调整工作的精神，通州市组建基本农田保护区划定工作班子，抽调乡（镇）专业人员500余人，村级工作人员3000余人，并从农业发展基金、国有土地使用权出让收益金及乡（镇）财政筹集工作经费49.64万元。经过4个多月的实地踏勘和规划调整，全市共划定基本农田保护片3230个，保护块1.25万个；一级农田保护面积134.35万亩，二级农田保护面积19.04万亩；规划建设预留地1.6万亩。设立保护标志3000块，建立档案2945卷。当年7月中旬，全市53个乡（镇、场）的基本农田保护区规划全部通过验收，经南通市政府审定通州市为农田保护划定工作合格县（市）。

1996年4月，按照省和南通市政府关于基本农田保护区要与村镇规划区进行协调和衔接的要求，对1995年已划定的基本农田保护区进行调整完善工作。当年10月，全市通过调整，共划定基本农田保护区53个、保护片3458个、保护块9054个，一级基本农田保护区面积133.41万亩，二级农田保护区面积18.68万亩；规划预留建设用地面积22.13万亩，其中集镇用地7.29万亩。

2004年4月，根据国土资源部和农业部颁发的《全国基本农田保护工作检查方案》的精神，开展全市基本农田保护工作大检查，组织专业人员和乡（镇）村干部实地踏勘，核实基本农田范围内地类及其界线，确定每个图斑的基本农田质量等级，绘制成基本农田现状图，建立基本农田信息系统，共重新划定基本农田保护片386个、基本农田保护块4734个，基本农田保护面积99.84万亩。当年11月，通州市基本农田保护工作成果通过省和南通市检查验收。

2008年春，根据国土资源部《关于印发〈基本农田与土地整理标识使用和有关标志牌设立规定〉的通知》精神，经过招投标，在全市范围内统一使用基本农田保护和土地整理标识，共设立基本农田保护镇级公示牌19块、村级公示牌234块、基本农田保护宣传牌104块，当年4月通过省和南通市组织的检查验收。