20世纪80年代中期以前，南通县无专门负责土地管理的机构，各类非农业建设用地的报批程序、审批机关、批准权限等多次变化。1986年2月，设立县农村土地管理办公室（隶属县农业局），负责乡村土地管理工作；建制镇镇区规划范围内的土地管理，由县城乡建设环境保护局负责。1987年2月，建立南通县土地管理办公室，为县政府直属机构，统一管理全县土地、地政工作。1987年8月，南通县土地管理办公室更名为南通县土地管理局，各乡镇建立土地管理所，村设兼职土地管理员，形成县、乡（镇）、村三级土地管理体制。为加强土地管理，切实保护耕地，制止违反土地管理法的行为，1988年8月，县政府颁布实施《南通县土地管理细则》。1993年起，通州市政府组织有关部门进行调查研究，反复论证，从经济社会发展全局出发，先后编制和实施土地利用总体规划和基本农田保护区规划，切实加强各类建设用地管理，对新增建设用地进行集约节约用地指标控制，对经营性建设用地，采取招标拍卖挂牌出让土地使用权；对基本农田保护区，设定保护标志，明确位置、面积和保护责任人。并且注重土地管理业务建设，组织开展土地调查、建制镇地籍调查和土地登记发证工作，加强土地执法监察，使国土资源管理进一步纳入依法、统一、全面、科学管理的轨道。